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2024-05-22 06:30| 来源: 网络整理| 查看: 265

概念

启动子(promoter):与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。初步分析时,一般选择上游2 kb,下游 500 nt,也有选上下游各1 kb的。获取正链或负链的启动子序列时要注意方向。 转录起始点(TSS):转录时,mRNA链第一个核苷酸相对应DNA链上的碱基,通常为一个嘌呤。

UTR(Untranslated Regions):即非翻译区,是信使RNA(mRNA)分子编码区(CDS)两端的非编码片段。 5’-UTR从mRNA起点延伸至AUG起始密码子,3’-UTR从编码区末端的终止密码子延伸至多聚A尾巴(Poly-A)的末端。

启动子预测 概述

生物化学与分子生物学—人卫8版

用启动子数据库和启动子预测算法定义启动子

启动子通常涉及基因的上游区域,含有调控基因适度活化或者抑制的信息,因此,在定义启动子或预测分析启动子结构时应该包括启动子区域的3个部分:

核心启动子 近端启动子:含有几个调控元件的区域,其范围一般涉及TSS上游几百个碱基 远端启动子:范围涉及TSS上游几千个碱基,含有增强子和沉默子等元件 预测启动子的其他结构特征

启动子区域的其他结构特征包括GC含量,CpG比率,转录因子结合位点,碱基组成及核心启动子元件等。

大约70%以上哺乳动物5‘-区都含有CpG岛,常与启动子序列重叠或者交叉覆盖,故可用于鉴定启动子。也可根据始祖启动子和mRNA转录本之间的相似性鉴定启动子。

数据库——预测启动子

EPD(eukaryotic promoter databases):主要预测真核RNA聚合酶Ⅱ型启动子

TRRD(transcription regulatory databases):转录调控区数据库

查找启动子区域 NCBI

打开PubMed:

选择Gene,输入IL17A,点击search;选择对应种属的基因,进入详细页

下拉到下图位置,可以看到该基因的以下信息

注意查看该基因上游几千kb有无其他基因

image 点击Tools,选择Sequence Text View:可以查看到基因序列的信息,比如5‘-UTR、CDS、intron、3’-UTR的分布。 image 以上只是该基因的一些信息,可以用于查找相应的UTR等区域,下面进入正题,寻找promoter区域。还是拉到如下图位置,点击FASTA: image 一般认为基因上游2 kb-5kb区域为该基因的promoter区域,所以将基因上游序列调出来: image UCSC 打开UCSC,点击Table Browser:

2.首先进入UCSC genome browser 查看目的基因上游5kb范围内有无其他基因,如果无就选择上游2kb左右序列即可。



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