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概念
启动子(promoter):与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。初步分析时,一般选择上游2 kb,下游 500 nt,也有选上下游各1 kb的。获取正链或负链的启动子序列时要注意方向。 转录起始点(TSS):转录时,mRNA链第一个核苷酸相对应DNA链上的碱基,通常为一个嘌呤。 UTR(Untranslated Regions):即非翻译区,是信使RNA(mRNA)分子编码区(CDS)两端的非编码片段。 5’-UTR从mRNA起点延伸至AUG起始密码子,3’-UTR从编码区末端的终止密码子延伸至多聚A尾巴(Poly-A)的末端。 启动子预测 概述生物化学与分子生物学—人卫8版 用启动子数据库和启动子预测算法定义启动子启动子通常涉及基因的上游区域,含有调控基因适度活化或者抑制的信息,因此,在定义启动子或预测分析启动子结构时应该包括启动子区域的3个部分: 核心启动子 近端启动子:含有几个调控元件的区域,其范围一般涉及TSS上游几百个碱基 远端启动子:范围涉及TSS上游几千个碱基,含有增强子和沉默子等元件 预测启动子的其他结构特征启动子区域的其他结构特征包括GC含量,CpG比率,转录因子结合位点,碱基组成及核心启动子元件等。 大约70%以上哺乳动物5‘-区都含有CpG岛,常与启动子序列重叠或者交叉覆盖,故可用于鉴定启动子。也可根据始祖启动子和mRNA转录本之间的相似性鉴定启动子。 数据库——预测启动子EPD(eukaryotic promoter databases):主要预测真核RNA聚合酶Ⅱ型启动子 TRRD(transcription regulatory databases):转录调控区数据库 查找启动子区域 NCBI打开PubMed: 选择Gene,输入IL17A,点击search;选择对应种属的基因,进入详细页 下拉到下图位置,可以看到该基因的以下信息 注意查看该基因上游几千kb有无其他基因 image 点击Tools,选择Sequence Text View:可以查看到基因序列的信息,比如5‘-UTR、CDS、intron、3’-UTR的分布。 image 以上只是该基因的一些信息,可以用于查找相应的UTR等区域,下面进入正题,寻找promoter区域。还是拉到如下图位置,点击FASTA: image 一般认为基因上游2 kb-5kb区域为该基因的promoter区域,所以将基因上游序列调出来: image UCSC 打开UCSC,点击Table Browser:2.首先进入UCSC genome browser 查看目的基因上游5kb范围内有无其他基因,如果无就选择上游2kb左右序列即可。 |
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