腺嘌呤脱氨酶、包含其的腺嘌呤碱基编辑器及其应用的制作方法

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腺嘌呤脱氨酶、包含其的腺嘌呤碱基编辑器及其应用的制作方法

2023-03-14 12:04| 来源: 网络整理| 查看: 265

腺嘌呤脱氨酶、包含其的腺嘌呤碱基编辑器及其应用的制作方法

1.本发明属于基因编辑领域,具体涉及一种腺嘌呤脱氨酶、包含其的腺嘌呤碱基编辑器及其应用。

背景技术:

2.人类遗传病发生的本质是由于基因突变,60%左右的遗传疾病由单个碱基突变引起,传统的利用基因组编辑技术介导的同源重组进行纠正这类遗传病非常低效(0.1%-5%)。基于crispr系统衍生出来的单碱基编辑器(base editor)是近年来新兴的高效碱基编辑技术,因其不产生dna双链断裂、无须重组模板、高效编辑等优势,在基础研究和临床疾病治疗展示了巨大的应用前景。3.经典的碱基编辑器主要分为胞嘧啶碱基编辑器和腺嘌呤碱基编辑器,前者由活性受损的来源于酿脓链球菌(streptococcus pyogenes)的cas9蛋白spcas9n、大鼠来源的胞嘧啶脱氨酶rapobec1和尿嘧啶糖苷酶抑制剂组成,其中cas9蛋白以ngg作为pam识别并特异结合dna,紧接着在脱氨酶以及dna修复的作用下,最终在ngg(21~23位)上游靶向序列20bp范围实现c/g-t/a的替换,编辑窗口主要位于4~8位;后者则是将细菌来源的tada(腺嘌呤脱氨酶)与spcas9融合,在定向进化和蛋白质工程化改造技术的辅助下,经历7轮进化最终获得可作用于单链dna的腺嘌呤碱基编辑器abe7.10,活性编辑区域主要位于4~7位,该系统在人类细胞中引起a/t-g/c的平均编辑效率约为53%,远高于利用同源重组介导碱基突变的效率,其产物纯度高达99.9%以及极低的indel(insertion-deletion,插入或缺失)发生,更重要的是人类致病性点突变约47%是由c·g突变为t·a所形成,而腺嘌呤碱基编辑器有望修正近一半的病原性点突变,展现出其在突变碱基修改以及遗传病治疗的巨大潜力,目前abe已广泛应用于动物模型制备和基因治疗。4.针对abe7.10编辑效率低下以及编辑窗口狭小等问题,各实验室开展了大量的优化改造工作,利用更换核定位信号和密码子优化的策略获得abemax,相比于abe7.10,a到g的编辑效率最高改善了7.1倍,融合cp-cas9变体构建的cp-abemax系列将编辑窗口由4~7位扩展至4~12位,但编辑活性仍与abemax类似,此外为进一步扩大abe的靶向范围,具备不同pam选择性的abe也被开发出来,如vqr-abe(pam:nga)、vrqr-abe(pam:nga)、sacas9-abe、(pam:nngrrt)、sakkh-abe(pam:nnnrrt)、vrer-abe(pam:ngcg)、xabemax(pam:ngn)、ng-abemax(pam:ng)。借助分子进化技术,最新报道的abe8e(richter mf,et al.phage-assisted evolution of an adenine base editor with improved cas domain compatibility and activity.nat biotechnol,2020,38:883-891)和abe8s(gaudelli nm,et al.directed evolution of adenine base editors with increased activity and therapeutic application.nat biotechnol,2020,38:892-900),再次显著性提高了碱基编辑效率,其中abe8e活性相较于abe7.10提高了590倍,同时编辑范围也进一步扩大,范围可覆盖3~14位,这也不可避免产生严重的“旁观者效应”,即窗口内所有腺嘌呤均会产生编辑,abe8e和abe8s执行编辑功能时均无法区别目标a和非目标a,因此对于精准医疗的临床应用仍缺少高精度高活性的腺嘌呤碱基编辑器,与此同时多个课题组报道abe存在危害性的胞嘧啶编辑(li s,et al.docking sites inside cas9 for adenine base editing diversification and rna off-target elimination.nat commun,2020,11:5827;kurt ic,et al.crispr c-to-g base editors for inducing targeted dna transversions in human cells.nat biotechnol,2021,39:41-46;kim hs,et al.adenine base editors catalyze cytosine conversions in human cells.nat biotechnol,2019,37:1145-1148;kim hs,et al.adenine base editors catalyze cytosine conversions in human cells.nat biotechnol,2019,37:1145-1148;grunewald j,et al.crispr dna base editors with reduced rna off-target and self-editing activities.nat biotechnol,2019,37:1041-1048),这也势必引发abe应用安全性的担忧。5.目前,尚无可缩窄abe的编辑窗口至1~2个碱基的报道,实现精准的腺嘌呤编辑仍然缺乏有效的碱基编辑器,同时abe产生的危害性胞嘧啶编辑也没有得到完全地消除,产生的abe安全性问题亟待解决。

技术实现要素:

6.本发明所要解决的技术问题是为了克服现技术中缺少能够显著降低旁观者腺嘌呤和胞嘧啶编辑,提供一种精准高效、高安全性的腺嘌呤脱氨酶、包含其的腺嘌呤碱基编辑器及其应用。本发明的腺嘌呤碱基编辑器能够极大降低旁观者腺嘌呤、几乎完全去除旁观者胞嘧啶编辑,甚至能够将编辑窗口缩窄至1~2个碱基,具有极高的安全性。7.发明人通过结构生物学预测了tada-8e中几个关键性的催化位点,在此基础上,通过氨基酸替换,获得基于tada-8e的单点突变体,意外发现部分单点突变体极大地破坏了腺嘌呤脱氨酶与底物腺嘌呤的非特异性结合,同时维持较高的编辑活性;在单点突变体的基础上进一步通过氨基酸替换获得双点突变体,发现双点突变体可将编辑窗口缩窄至1~2个碱基,同时维持较高的编辑活性,而突变引起的结构口袋变化也使得腺嘌呤脱氨酶无法识别胞嘧啶作为底物,最终完全消除了abe中存在的独立胞嘧啶编辑事件,此外仍然保持较低的indel。8.本发明通过以下技术方案解决上述技术问题。9.本发明的第一方面提供一种腺嘌呤脱氨酶,所述腺嘌呤脱氨酶在包括如seq id no:1所示的氨基酸序列的第29位、第84位、第108位和第145位发生一种或多种氨基酸突变。10.较佳地,所述一种或多种氨基酸突变包括:11.第108位氨基酸残基n突变为q;或,12.第145位氨基酸残基l突变为t;或,13.第145位氨基酸残基l突变为q;或,14.第84位氨基酸残基f突变为t;或,15.第84位氨基酸残基f突变为t,并且第108位氨基酸残基n突变为q;或,16.第108位氨基酸残基n突变为q,并且第145位氨基酸残基l突变为t;或,17.第108位氨基酸残基n突变为q,并且第29位氨基酸残基p突变为m;或,18.第108位氨基酸残基n突变为q,并且第29位氨基酸残基p突变为w。19.本发明中,氨基酸序列如seq id no:1所示的腺嘌呤脱氨酶的核苷酸序列如seq id no:2所示。20.本发明中,所述腺嘌呤脱氨酶还包括在如seq id no:1所示的其他位点发生一种或多种氨基酸突变,形成的突变体具有与第一方面所述的腺嘌呤脱氨酶相同或相近的功能或生物学活性。21.在本发明一些实施方案中,所述腺嘌呤脱氨酶还包括核定位信号序列;所述核定位信号序列可为本领域常规,例如为如seq id no:3所示的核定位信号序列。22.本发明的第二方面提供一种腺嘌呤碱基编辑器,所述腺嘌呤碱基编辑器包括核酸酶和如第一方面所述的腺嘌呤脱氨酶。23.在本发明一些实施方案中,所述核酸酶为cas蛋白及其变体;24.在本发明一些较佳的实施方案中,所述cas蛋白为酿酒酵母来源的spcas9、金黄色葡萄球菌来源的sacas9、毛螺菌科细菌来源的lbcas12a或酸胺球菌属细菌来源的enascas12a;所述cas蛋白变体为vqr-spcas9、vrer-spcas9、spry、spng、sacas9-kkh或sacas9-ng。25.在本发明一些实施方案中,所述腺嘌呤碱基编辑器显著降低旁观者腺嘌呤编辑和旁观者胞嘧啶编辑。26.在本发明一些实施方案中,所述腺嘌呤碱基编辑器可极大缩窄编辑范围,精准编辑1~2个碱基,同时保持较低的indel事件发生。27.本发明的第三方面提供一种融合蛋白,所述融合蛋白包含如第一方面所述的腺嘌呤脱氨酶。28.在本发明一些实施方案中,所述融合蛋白还包含核酸酶,所述核酸酶的定义如第二方面所述。29.本发明中,编码所述融合蛋白的序列组成可以为启动子-腺嘌呤脱氨酶-核酸酶-polya,只要其能提供不低于abe8e的a》g的编辑效率;其中,所述启动子和所述polya可为本领域常规。30.所述启动子可为cmv,或者其他类型的光谱启动子及组织特异性启动子,例如cag、pgk、ef1α;肌肉特异启动子ctsk;肝脏特异性启动子lp1等。31.所述polya可为牛生长激素多腺苷酸化信号bgh polya,或者其他生物来源的多腺苷酸化信号。32.所述序列组成例如为cmv-腺嘌呤脱氨酶-cas9n-bgh polya。33.本发明的第四方面提供一种腺嘌呤碱基编辑系统,其包括:sgrna和如第二方面所述的腺嘌呤碱基编辑器。34.在本发明一些实施方案中,所述sgrna的靶序列如seq id no:4~15的核苷酸序列所示。35.本发明的第五方面提供一种药物组合物,所述药物组合物包括如第一方面所述的腺嘌呤脱氨酶、如第二方面所述的腺嘌呤碱基编辑器、如第三方面所述的融合蛋白或者如第四方面所述的腺嘌呤碱基编辑系统。36.本发明的第六方面提供一种非治疗目的的碱基编辑方法,所述碱基编辑方法包括:37.在靶细胞中表达如第一方面所述的腺嘌呤脱氨酶、如第二方面所述的腺嘌呤碱基编辑器、如第三方面所述的融合蛋白或者如第四方面所述的腺嘌呤碱基编辑系统,使所述靶细胞发生碱基编辑,优选还包括加入sgrna,所述sgrna的靶序列如seq id no:4~15的核苷酸序列所示。38.在本发明一些实施方案中,所述靶细胞的来源为分离的细胞系。39.在本发明一些较佳的实施方案中,所述分离的细胞系为293t细胞、hela细胞、u2os细胞、nih3t3细胞或n2a细胞。40.本发明中,所述非治疗目的例如在实验室中通过检测靶细胞发生的编辑来评价本发明所述的腺嘌呤脱氨酶、腺嘌呤碱基编辑器、融合蛋白或者所述的腺嘌呤碱基编辑系统。反之,也可以通过碱基编辑研究靶细胞的功能。41.本发明中,所述碱基编辑方法还可以是治疗目的的。本发明中,所述治疗是指治疗受试者例如人类的疾病,包括抑制所述疾病的发生或发展、缓解所述疾病的症状或治愈所述疾病。42.本发明中,所述靶细胞可以为真核细胞、原核细胞、或者不同于原核细胞的古生物细胞。43.较佳地,所述靶细胞可以表达如第三方面所述的融合蛋白。44.更佳地,所述靶细胞可以为植物细胞、人类细胞或动物细胞。45.本发明的第七方面提供如第一方面所述的腺嘌呤脱氨酶、如第二方面所述的腺嘌呤碱基编辑器、如第三方面所述的融合蛋白或者如第四方面所述的腺嘌呤碱基编辑系统在制备碱基编辑的药物或制备基因治疗的药物中的应用。46.本发明的第八方面提供如第一方面所述的腺嘌呤脱氨酶、如第二方面所述的腺嘌呤碱基编辑器、如第三方面所述的融合蛋白或者如第四方面所述的腺嘌呤碱基编辑系统在构建动物模型和农作物育种中的应用。47.本发明的第九方面提供如第一方面所述的腺嘌呤脱氨酶、如第二方面所述的腺嘌呤碱基编辑器、如第三方面所述的融合蛋白或者如第四方面所述的腺嘌呤碱基编辑系统在制备碱基编辑工具中的应用。48.在符合本领域常识的基础上,上述各优选条件,可任意组合,即得本发明各较佳实例。49.本发明所用试剂和原料均市售可得。50.本发明的积极进步效果在于:51.本发明的腺嘌呤碱基编辑器可有效破坏腺嘌呤脱氨酶与底物碱基的非特异性结合,将编辑窗口缩窄至1~2个碱基,同时维持较高的编辑活性;突变引起的结构口袋变化也使得腺嘌呤脱氨酶无法识别胞嘧啶作为底物,最终完全消除了abe中存在的独立胞嘧啶编辑事件;并且保持较低的indel,提高了安全性,可促进其在精准医疗、动物疾病模型制作、作物遗传育种等方面的应用,具有极大的应用价值。附图说明52.图1为abe8e结合底物dna的晶体结构(pdb:6vpc)。53.图2为21个abe8e突变体在293t上fancf site1位点实现的a》g碱基编辑对比结果示意图。54.图3为21个abe8e突变体在293t上fancf site1位点实现的a4以及c6碱基编辑对比结果示意图。55.图4为abe8e与abe8e-n108q在293t上4个靶点产生的a》g、c》g、c》t、c》a碱基编辑对比结果示意图。56.图5为19个abe8e组合突变在293t上abe-site3和abe-site10位点实现的a》g碱基编辑对比结果示意图。57.图6为abe9s和abe9.1s在293t上abe-site10、hek-site7位点实现的a碱基以及c碱基编辑效率对比结果示意图。58.图7为abe9s、abe9.1s、abe9.2s、abe9.3s和abe9.4s在293t上abe-site16、abe-site17、abe-site13和abe-site8内源性靶点实现的a》g编辑效率对比结果示意图。59.图8为abe9s、abe9.1s、abe9.2s、abe9.3s和abe9.4s在293t上abe-site16、abe-site17、abe-site13和abe-site8内源性靶点产生的indel对比结果示意图。具体实施方式60.下面通过实施例的方式进一步说明本发明,但并不因此将本发明限制在所述的实施例范围之中。下列实施例中未注明具体条件的实验方法,按照常规方法和条件,或按照商品说明书选择。61.实施例中使用的突变体中,编码突变位点的密码子如表1所示。62.表1tada单点突变序列63.[0064][0065]实施例中使用的靶点及其序列如表2所示。[0066]表2所用靶点及序列[0067]靶点名称序列(5’‑3’)seq id nofancf site1ggaatcccttctgcagcacc4egfr-library-sg4aagatcaaagtgctgggctc5hbg-sg1cttgtcaaggctattggtca6emx1-sg2pgacatcgatgtcctccccat7hbg-sg8caggacaagggagggaagga8abe-site3gtcaagaaagcagagactgc9abe-site10gaacataaagaatagaatga10hek-site7ggaacacaaagcatagactg11abe-site16gggaataaatcatagaatcc12abe-site17gacaaagaggaagagagacg13abe-site13gaagatagagaatagactgc14abe-site8gtaaacaaagcatagactga15[0068]实施例中使用的靶点的鉴定引物如表3所示。[0069]表3所用靶点的鉴定引物[0070][0071][0072]其中:f为正向引物,r为反向引物。[0073]实施例中使用的无缝克隆试剂盒为vazyme clonexpress multis one step cloning kit,c113-01。[0074]实施例中使用的hek293t细胞为atcc crl-3216细胞系。[0075]实施例中使用的质粒u6-sgrna-ef1α-gfp的核苷酸序列如seq id no:40所示,其中,靶向靶序列的sgrna的编码序列用连续的n表示。[0076]实施例中测序的服务提供商为苏州金唯智生物科技有限公司。[0077]实施例1[0078]1.1质粒设计及构建[0079]1.1.1如图1所示,根据冷冻电镜捕捉abe8e结合底物dna的晶体结构,并根据该晶体结构,设计21个abe8e的单点突变体(如表1所示),同时设计了1个来自于人的内源性测试靶点fancf site1(如表2所示)用于筛选评价。[0080]1.1.2将21个abe8e单点突变体按表1中的序列进行合成,以abe8e为载体,之后进行无缝克隆组装,即按表2合成两条oligo,正链加cacc,反链加上aaac,连接至已经用bbsi酶切好的u6-sgrna-ef1α-gfp上。[0081]1.1.3将1.1.1与1.1.2中构建的质粒经sanger测序,确保序列完全正确。[0082]1.2细胞转染[0083]第1天:用293t细胞铺种24孔板[0084](1)消化hek293t细胞,按照2×105cell/孔接种96孔板。[0085]注意:细胞复苏后,一般需传代2次方可用于转染实验。[0086]第2天:转染[0087](2)观察各孔细胞状态。[0088]注意:要求转染前细胞密度应为70%~90%,且状态正常。[0089](3)质粒转染量如下(以abe8e作为对照):[0090]abe8e单点突变体:u6-sgrna-ef1α-gfp=750ng:250ng[0091]设置n=3孔/组。[0092]1.3基因组提取及扩增子文库的准备[0093]转染后72h,用天根细胞基因组提取试剂盒(dp304)提取细胞基因组dna。之后用hi-tom gene editing detection kit(诺禾致源)的操作流程,设计相对应的鉴定引物(如表3所示),即在正向引物5’端加上搭桥序列5’‑ggagtgagtacggtgtgc-3’(seq id no:41),反向引物5’端加上搭桥序列5’‑gagttggatgctggatgg-3’(seq id no:42),即得到一轮pcr产物,之后利用一轮pcr产物作为模板,进行二轮pcr,得到二轮pcr产物,之后混在一起进行切胶回收纯化后送公司进行测序。[0094]1.4深度测序结果分析与统计[0095]利用be-analyzer网站(http://www.rgenome.net/be-analyzer/#!)分析深度测序结果,即统计a》g、c》t、c》g、c》a、indel的比率,并用graphpad prism 9.1.0进行统计作图,如表4和图2~4所示。[0096]1.5结果分析[0097]如表4和图2所示,根据sanger结果,abe8e的21个单点突变体中,abe8e-l145t、abe8e-l145q、abe8e-n108q和abe8e-f84t均显著降低旁观者a3的编辑,同时维持靶向碱基a4的编辑效率。[0098]表4靶点fancf site 1的编辑效率结果(单位,%)[0099][0100][0101][0102]如图3所示,深度测序评价旁观者c6编辑,abe8e产生的旁观者胞嘧啶编辑为45.2%(c》g+c》t+c》a),而上述四种单点突变体产生的编辑效率分别仅为5.07%、3.67%、2.44%、2.93%,其中abe8e-n108q最高降低94.6%危害性胞嘧啶编辑。[0103]如图4所示,选择abe8e-n108q在另外四个内源性靶点(egfr-library-sg4、hbg1-sg1、emx1-sg2p、hbg-sg8)再次验证,结果表明:以abe8e为对照,对于egfr-library-sg4靶点,abe8e-n108q将旁观者胞嘧啶编辑从13.7%降低至3.13%,对于hbg-sg1靶点,旁观者胞嘧啶编辑从16.4%降低5.17%,对于emx1-sg2p靶点,旁观者胞嘧啶编辑从14.5%降低1.9%,对于hbg-sg8靶点,旁观者胞嘧啶编辑从9.33%降低1.2%。[0104]综上,abe8e-l145t、abe8e-l145q、abe8e-n108q和abe8e-f84t均显著降低旁观者腺嘌呤编辑和旁观者胞嘧啶编辑。[0105]实施例2[0106]为完全消除旁观者胞嘧啶编辑以及实现精准编辑单个a》g,设计本实施例。[0107]2.1质粒设计及构建[0108]2.1.1基于实施例1的单点突变筛选结果,再次根据abe8e的晶体结构,将潜在性影响底物结构的氨基酸位点进行组合突变合成,进行无缝克隆组装。同时设计2个富含poly a的内源性测试靶点abe site10和abe site3进行测试(如表2所示),构建方法同[0109]1.1.2。[0110]2.1.2将2.1.1中构建的质粒经sanger测序,确保完全正确。[0111]2.2细胞转染[0112]第1天:用293t细胞铺种24孔板[0113](1)消化hek293t细胞,按照2×105cell/孔接种96孔板。[0114]注意:细胞复苏后,一般需传代2次方可用于转染实验。[0115]第2天:转染[0116](2)观察各孔细胞状态。[0117]注意:要求转染前细胞密度应为70%~90%,且状态正常。[0118](3)质粒转染量如下(以abe8e作为对照)[0119]2.1中新构建的质粒:u6-sgrna-ef1α-gfp=750ng:250ng[0120]设置n=3孔/组。[0121]2.3基因组提取及扩增子文库的准备[0122]转染后72h,用天根细胞基因组提取试剂盒(dp304)提取细胞基因组dna。之后用hitom试剂盒的操作流程,设计相对应的鉴定引物(如表3所示),即在正向引物5’端加上如seq id no:38所示的搭桥序列,反向引物5’端加上如seq id no:39所示的搭桥序列,即得到一轮pcr产物,之后利用一轮pcr产物作为模板,进行二轮pcr,得到二轮pcr产物,之后混在一起进行切胶回收纯化后送公司进行测序。[0123]2.4深度测序结果分析与统计[0124]利用be-analyzer网站(http://www.rgenome.net/be-analyzer/#!)分析深度测序结果,即统计a》g、c》t、c》g、c》a、indel的比率,并用graphpad prism 9.1.0进行统计作图。[0125]2.5结果分析[0126]如图5所示,根据sanger结果,在19个组合突变中,n108q-l145t、n108q-p29m、n108q-p29w和n108q-f84t显示了极窄的编辑窗口,靶向范围大约1~2个碱基。对于abe site3靶点,abe8e编辑范围为~5个碱基,而已报道的具备缩窄窗口潜能的f148a突变,编辑范围也有~4个碱基,abe8e-n108q编辑窗口为~3个碱基,而四种组合突变仅编辑1个碱基,且高效精准编辑a5。同样对于abe site10靶点,abe8e覆盖~7个碱基,abe8e-f148a靶向区域为~4个碱基,对于单点突变abe8e-n108q,编辑范围依然为~3个碱基,n108q-l145t和n108q-p29m编辑范围为~2个碱基,同样高效催化第五位的a》g,n108q-p29w和n108q-f84t则精准编辑1个碱基a5,编辑活性仅部分降低。为便于描述,将abe8e-n108q命名为abe9s,n108q-l145t、n108q-p29m、n108q-p29w和n108q-f84t依次命名为abe9.1s、abe9.2s、abe9.3s和abe9.4s。abe9.1s、abe9.2s、abe9.3s和abe9.4s的编辑窗口约为1~2个碱基,腺嘌呤编辑的选择性依次严格。[0127]如图6所示,以abe9.1s为例,以abe site10以及新设计的内源性靶点hek site7为评价靶点,再次评价组合突变的旁观者胞嘧啶编辑特征。结果显示,相较于abe9s,abe9.1s完全消除了危害性胞嘧啶编辑,同时缩窄窗口至1~2个碱基,并且偏好性编辑a5/a6碱基。[0128]综上,abe8e的组合突变n108q-l145t、n108q-p29m、n108q-p29w和n108q-f84t可以精准编辑1~2个碱基,同时完全消除危害性胞嘧啶编辑。[0129]实施例3[0130]为对比abe9.1s、abe9.2s、abe9.3s和abe9.4s的工作特性,设计本实施例。[0131]3.1质粒设计及构建[0132]3.1.1以abe8e和abe9s为对照,设计4个额外的靶点abe-site16、abe-site17、abe-site13和abe-site8(如表2所示)进行评价。[0133]3.1.2将3.1.1中构建的质粒经sanger测序,确保完全正确。[0134]3.2细胞转染[0135]第1天:用293t细胞铺种24孔板[0136](1)消化hek293t细胞,按照2×105cell/孔接种96孔板。[0137]注意:细胞复苏后,一般需传代2次方可用于转染实验。[0138]第2天:转染[0139](2)观察各孔细胞状态。[0140]注意:要求转染前细胞密度应为70%~90%,且状态正常。[0141](3)质粒转染量如下(以abe8e作为对照):[0142]3.1中新构建的质粒:u6-sgrna-ef1α-gfp=750ng:250ng[0143]设置n=3孔/组。[0144]3.3基因组提取及扩增子文库的准备[0145]转染后72h,用天根细胞基因组提取试剂盒(dp304)提取细胞基因组dna。之后用hitom试剂盒的操作流程,设计相对应的鉴定引物(如表3所示),即在正向引物5’端加上如seq id no:38所示的搭桥序列,反向引物5’端加上如seq id no:39所示的搭桥序列,即得到一轮pcr产物,之后利用一轮pcr产物作为模板,进行二轮pcr,得到二轮pcr产物,之后混在一起进行切胶回收纯化后进行送公司进行测序。[0146]3.4深度测序结果分析与统计[0147]利用be-analyzer网站(http://www.rgenome.net/be-analyzer/#!)分析深度测序结果,即统计a》g、c》t、c》g、c》a、indel的比率,并用graphpad prism 9.1.0进行统计作图。[0148]3.5结果分析[0149]如图7所示,在abe site16位点,对应的abe8e编辑窗口为~5个碱基,abe9s可覆盖~4个碱基,abe9.1s、abe9.2s、abe9.3s、abe9.4s仅编辑1~2个碱基;在abe site13和abe site13位点,abe8e编辑范围为~5个碱基,abe9s覆盖范围为3~4个碱基,而abe9.1s、abe9.2s、abe9.3s和abe9.4s中,除了abe9.1s有轻微a7或者a4编辑外,其余三个变体均只编辑一个碱基。对于abe site17位点,abe8e编辑范围为~6个碱基,abe9s编辑范围为~3个碱基,abe9.1s和abe9.2s主要编辑2个碱基(a5/a6),abe9.3s和abe9.4s依然精确编辑单个碱基。[0150]综上,abe9s可轻微缩窄编辑范围,而abe9.1s,abe9.2s,abe9.3s,abe9.4s精准编辑1~2个碱基,同时保持较低的indel事件发生(如图8所示)。



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