采用模型选择和模型平均来计算序列的非同义和同义替换率(Ka/Ks)，通过蛋白编码序列来计算和挖掘进化信息。同时，该软件还整合了多种现有的Ka和Ks计算算法。 此工作流侧重于同源序列的Ka和Ks值的评估。它在原有的7种计数方法、1种极大似然方法和2种基于模型选择和模型平均的方法的基础之上，增加了7种gamma系列新方法。 这些方法分别在原有的核酸替代模型的基础上引入了序列不同位点原始突变率的变异参数，并且已被证明在特定情况下会比原有方法具有更加精确的评估值。 新版本总共有17种选择压力（非同义替代率和同义替代率）的计算方法，可以广泛应用于不同亲缘关系物种间的进化动力学研究； 同时，可以通过比较来评估基于不同模型的各种方法在计算进化生物学中的性能和各种进化参数的引进对解决具体生物学问题带来的不同影响。