台湾“清华大学”前身为1911年在北京设立的清华学堂，1925年设大学部，对日抗战期间，西迁至云南昆明，与“国立”北京大学、私立南开大学合组国立西南联合大学。解放战争后，清华大学被分成两个，北京的清华大学由中华人民共和国政府接管，而台湾当局则于1955年于台湾省新竹市让“清华大学”复校，新竹清华与北京清华更有“一笔写不出两个清华”的说法。

复校之初首设原子科学研究所，1964年恢复大学部。2020年QS世界大学排名位居第173名[1]，在2019年QS世界大学排名位居第163名，台湾地区第2名，两岸三地第14名。截至2019年11月，台湾“清华大学”共设有理、工、原子科学、人文社会、生命科学、电机资讯、科技管理、教育、艺术、清华学院共10个学院。在台已造就英才超过五万人，校友包括诺贝尔奖得主李远哲、台湾“中央研究院”院士12人。

北京清华大学与新竹“清华大学”现双方合作MOOC课程、学术访问制度及双联学位课程，并与厦门市三方共建“清华海峡研究院”，促进两岸学术及文化交流。