水良港之一，可建设5～10万吨泊位码头。马尾港是全国十大港口之一，航线通40多个国家、地区和国内各大港口，2004年货物吞吐量达5938万吨。

　　沿海岛屿星罗棋布，集装箱进出口量达70.8万标箱，均居全国沿海港口第10位。福州地区辖属岛屿有545个，面积520.03平方公里，岸线长1061.03公里，分别占福建省海岛总数、总面积和岸线总长的35.25%、39.27%和37.74%。均为基岩岛，其岩性构造与附近大陆一致，属于大陆岛性质。较大的岛屿有海坛岛、江阴岛、琅岐岛、粗芦岛、大练岛、屿头岛等。其中海坛岛面积274.33平方公里，是福建省第一大岛、中国第五大岛；江阴岛面积76.07平方公里，是福建省第五大岛。岛屿由于长期受到海浪的拍击和侵蚀，形成奇异多姿的海蚀地貌，如海蚀洞、海蚀柱、海蚀桥、海蚀崖、海蚀平台等。海坛岛海蚀地貌发育特别完美，类型多，分布广，国内罕见，为国家重点风景名胜区。