腹痛一般位于右下腹或脐周，间歇性发作，常于进餐后加重，排便或肛门排气后缓解。

腹泻：亦为本病常见症状，先是间歇发作，后期可转为持续性。粪便多为糊状，一般无脓血和黏液。

瘘管形成： 肠瘘是本病的特征性表现，分内瘘和外瘘，前者可通向其他肠段、肠系膜、膀胱等处，后者通向腹壁或肛周皮肤。

肛门周围病变： 包括肛门周围瘘管、脓肿形成及肛裂等病变。

腹部包块：多位于右下腹与脐周。

发热是较为常见的全身表现，间歇性低热或中度热度常见，少数呈弛张高热伴毒血症；营养障碍，多表现为消瘦、贫血、低蛋白血症和维生素缺乏；

全身多个系统损害，

杵状指（又称槌状指），即手指外形像棒槌, 指端膨大。关节炎、结节性红斑即红色或紫红色疼痛性炎性结节。

脓皮病，其开始为皮肤的红斑或肿块，发展为脓疱，脓排出后结痂，可有瘙痒。

葡萄膜炎，其主要症状有疼痛，畏光，流泪及视力减退等、口腔溃疡等。

肠内并发症：肠梗阻最常见，其次是腹腔内脓肿，偶可并发急性穿孔或大量便血。直肠或结肠黏膜受累者可发生癌变。原发性硬化性胆管炎的发生率也会上升。

肠外并发症：关节炎是最常见的并发症，此外长期反复发作会引起患者焦虑抑郁；非酒精性脂肪肝病是最常见的肝损；克罗恩患者还可发生肾结石和胆结石。