BOSS，游戏中称之为“稀世强者”，一般需要通过致命忍杀才能击败。 游戏中有很多可以被称为BOSS的敌人，不过关于这个概念的界定还稍显模糊。 本wiki按照游戏参数中所有享受BOSS加成的敌人，来定义BOSS、精英敌人和一般敌人。 下面按照主线流程划分BOSS：

序章故事位于苇名城 贮水城区，仅有弦一郎这一个BOSS，且无法重复挑战，即便战胜也没有任何奖励。

苇名弦一郎

第一章故事需要玩家探索苇名城 城邑、苇名城 主城和苇名城 贮水城区，先击败鬼形部以进入主城，然后击败精英敌人火牛以探索主城和贮水城区，并在主城找到弦一郎。

鬼形部

苇名弦一郎

第二章需要玩家探索苇名之底+水生村、金刚山 仙峰寺、坠落之谷三大条线，然后返回苇名城 主城继续探索。

幻影破戒僧

屏风猿猴

狮子猿

无首狮子猿

巨型忍者 枭

柔剑 永真

苇名一心

第三章需要玩家探索源之宫。

宫内破戒僧

樱龙

第四章需要玩家返回苇名城，对主城、城邑、贮水城区进行重新探索。

怨恨之鬼

巴流 苇名弦一郎

剑圣 苇名一心

这一部分包含狼对三年前龙泉参拜之年在平田宅邸的见闻，以及于记忆中连战时遇到的新BOSS。

幻影之蝶

义父

心中的义父

心中的弦一郎

心中的一心