疱疹性咽峡炎主要依靠临床表现判断：基于口腔黏膜疹的典型表现和部位（通常至少于 10 处充血性黄色或灰白色丘疱疹，位于腭舌弓、软腭、扁桃体及悬雍垂），以及伴发的高热就可以诊断。

疱疹性咽峡炎出现并发症的几率很低（只有由肠道病毒 A71 引起时才可能发生），所以一般除了咽喉检查，不需要病毒学检查。

在诊断疱疹性咽峡炎时，如果有其它异常或不典型的症状及体格检查，需要与其他疾病进行鉴别。医生会根据每个病人的具体情况，有针对性地选择咽分泌物病原体检测、血常规、 C 反应蛋白（缩写为 CRP）、血糖等检查。

临床上，两者最主要区别在于皮疹分布，疱疹性咽峡炎的黏膜疹仅出现在口腔黏膜，而手足口病的皮疹不仅出现在口腔黏膜，还在手足（也可能在臀部、躯干及全身各个部位）出现。

当然，临床上确实也可能出现表现不典型的手足口病，如仅出现口腔黏膜疹不伴皮疹，或仅出现皮疹不伴有口腔黏膜疹，所以单纯口腔黏膜疹的手足口病和疱疹性咽峡炎的鉴别是比较难的，好在两个疾病的处理方式差不多。

一般临床医生会把单纯口腔黏膜疹的手足口病诊断为疱疹性咽峡炎，这样问题也不大，只是手足口病的重症风险比疱疹性咽峡炎更高，所以即便是只考虑疱疹性咽峡炎，也需要密切观察病情变化。

此外，与两者有关的肠道病毒血清型分布也有所不同，但也有交叉重叠，在没有出现并发症的情况下一般不检查，所以临床意义不大。