蛋白质天然折叠成各种形状，影响其在分离介质(如凝胶)中的迁移率。

变性蛋白质可抵消这些结构效应，并准确反映蛋白质的质量/ 电荷比的分离。

为使蛋白质变性，凝胶电泳中通常会加入洗涤剂十二烷基硫酸钠(SDS)。

SDS被简单地添加到样品中，并且是凝胶和流动缓冲液的组成部分。

1.4克SDS将与每克蛋白质结合，因此蛋白质上的任何固有电荷被带负电荷的洗涤剂胶束包覆。

变性凝胶可以在非还原条件下运行(没有样品煮沸和没有添加还原剂)，重要的是保持蛋白质的天然结构进行进一步分析。

或者，变性凝胶可以在还原条件下运行，其中还原剂如二硫代苏糖醇(DTT)或β-巯基乙醇被添加到样品缓冲液中并加热。

这些试剂通过切割半胱氨酸残基之间的二硫键来破坏蛋白质的四级结构和三级结构，产生多肽的线性链。以这种方式处理的蛋白质以其分子量对数线性函数的速率迁移。

变性胶SDS-PAGE与其他两种电泳方法的区别是：

1、胶中需要加入SDS等变性剂，样品也需经过煮沸变性等处理，使蛋白变性、亚基解离，无法体现含有亚基的蛋白的真实分子量，也不能进行后续的蛋白活性检测; 2、条带区分开主要是靠分子量大小。