基因检测解读秘籍十一:如何看待“临床意义未明”?

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基因检测解读秘籍十一:如何看待“临床意义未明”?

2024-04-28 19:18| 来源: 网络整理| 查看: 265

原标题:基因检测解读秘籍十一:如何看待“临床意义未明”?

当一个变异没有办法归为“致病的”、“可能致病的”,或者“良性的”、“可能良性的”时,会被判定为“临床意义不明确”(variants of uncertain significance,VUS)。如何看待它呢?

在2019年3月30日遗传学会遗传咨询分会(CBGC)年会上,复旦大学附属妇产科医院张月萍教授提到了VUS的处理问题,有以下观点:

(1)VUS不等于不致病,不可一刀切;

(2)对于孕妇,原则上不报;孕前看情况报;

(3)建立长期随访。

VUS的报告问题

张教授提到的“对于孕妇,原则上不报;对于孕前,看情况报”,这可能是考虑到孕期时间紧迫,没有充分的时间做决策,容易造成患者焦虑或做出错误判断;而孕前则有时间对VUS变异做进一步讨论和核实。然而,在后面圆桌会议的时候,小编的同事提问“在做携带者筛查如何处理VUS”,会场专家表示在携带者筛查中VUS一般不做报告。因此,感觉对于如何报告VUS,目前并没有一个明确规则,只能按个例去分析判断。

VUS不等于不致病

关于这个问题,小编在遗传病专业论坛“清涟基因”上搜索到一篇帖子[1]。这篇帖子描述了两例肌病家系分别检出两个VUS,都是RYR1基因的错义变异(NM_000540.2:c.10504 C>T,和NM_000540.2:c.5000 G>A),两个变异人群频率极低,前者软件预测有害。因此前者打分为PM2+PP3,后者为PM2,均只能分类为VUS。这种情况接下来怎么办呢?

需深入收集表型。随后,临床医生对两位先证者进行了肌肉活检,前者符合RYR1基因变异的临床表现,而后者活检结果为“2型肌纤维萎缩”。因此,倾向于认为前一个VUS为致病原因,而后一个VUS与疾病无关。随着VUS变异不断发现,或许可以推动基于表型的鉴别诊断发展。

补全共分离。帖子的讨论中还提到,需要补全共分离,也就是在家系中使用sanger测序验证VUS位点,这可以增加共分离证据,有可能使分类上升为LP。

建立长期随访。例如,在MYH7基因解读指南中,如有大于等于6个先证者带有相同的表型,则算作一个致病证据PS4_Moderate[2]。对于其他基因也是同样的道理。因此,这次CBGC年会的专家一再呼吁共享数据库,这样就很容易使携带VUS变异的病例积累起来。然而,这里面还有遗传资源、伦理隐私、科研成果保护等诸多问题,貌似较难实现。

对基因功能的理解。目前很多VUS都没有办法获得功能证据支持,这是因为蛋白功能研究还有很多空白。而且,已有的大多数动物模型均为“敲除(knockout)”。但临床检出的大多数变异都不是LOF变异,而是错义变异。如希望确定这些基因的变异,需要使用“敲入(knockin)”。这需要功能学领域的实验室与临床密切合作,以及开发简单经济的方法。

测试前咨询

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这次年会专家提出“测试前咨询”的重要性。其中很重要的一点,是在检测前告知患者:医学尚且处在发展阶段,目前基因检测仍然有很多不确定性因素在里面,也就是会出现VUS变异。当然,如上所述,也有的场景选择不告诉患者VUS的情况。究竟如何处理,希望能随着遗传咨询进一步发展,可以听到



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