拯救你的发际线:人蛋白质数据库(HPA)

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拯救你的发际线:人蛋白质数据库(HPA)

2024-06-11 22:11| 来源: 网络整理| 查看: 265

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Human Protein Atlas(HPA)提供了26000种人类蛋白质的组织和细胞分布信息。在该数据库中,研究人员使用高度特异性的抗体,用免疫检测技术(免疫印迹、免疫荧光和免疫组化),详细地检测了每一种蛋白在64个细胞系、48种人类正常组织和20种肿瘤组织中的表达情况,数据详实。

 

根据不同维度,HPA数据库分为Cell,Tissue和Pathology三个版块,分别展示了蛋白在细胞、正常组织和癌变组织中的表达情况。

 

我们以明星基因pten举个栗子,查询pten的表达情况,首先打开https://www.proteinatlas.org/,在搜索框中输入pten,点击search:

 

明星基因pten

 

接着出现下面界面

 

基因,基因的描述,蛋白类别

 

从左到右分别是:基因(Gene),基因的描述(Gene description),蛋白类别(Protein class),组织(Tissue),细胞(Cell),病理(Pathology),亚细胞定位(Subcellular location),RNA类别(RNA tissue category)这8列。

 

点击pten行列会展现pten的组织(Tissue)板块,就出现该基因在不同组织的表达情况:(分为RNA表达和蛋白质表达)

 

RNA表达和蛋白质表达

RNA表达和蛋白质表达

 

Splice variant(剪切异构体)

 

你会发现,PTEN存在两个剪切异构体,分别为PTEN-001,PTEN-005

 

点击人体组织表达图谱右侧组织名称,比如Testis,可以查看组织免疫组化图。在网页的左侧显示标本信息以及蛋白亚定位。可以参考作为免疫组化的阳性对照

 

Testis查看组织免疫组化图

 

点击右上角的细胞栏(CELL),可以查看基因在细胞系RNA表达水平,以及人类细胞系、小鼠细胞系中定位。在查看细胞定位的荧光图时,可以通过点击选择需要显示的内容:抗体,细胞核,微管等等。即可单独显示又可以叠加显示。

 

点击选择需要显示的内容:抗体,细胞核,微管等等

查看细胞定位的荧光图

 

点击右上角的肿瘤栏(pathology),可以查看基因在不同肿瘤样品中的蛋白表达情况,该数据库整合了TCGA,因此你可以看到在TCGA的表达情况。

 

点击右上角的肿瘤栏

TCGA的表达情况

 

HPA的强大功能是不是很强大,具体还有很多详细信息。大家快去体验一下吧!

 

HAP数据库功能就介绍到这里了。该数据库目前一直在更新,最新版本已经可以查询到约16000个蛋白的数据,小鼠的蛋白质数据库也正在构建中,相信不久的将来可以发布。更多HAP使用方法可参考以下文献:

 

1.Uhlén M et al, 2015. Tissue-based map of thehuman proteome. Science PubMed: 25613900 DOI: 10.1126/science.1260419

 

2.Thul PJ et al, 2017. A subcellular map ofthe human proteome. Science. PubMed: 28495876 DOI: 10.1126/science.aal3321

 

3.Uhlen M et al, 2017. A pathology atlas ofthe human cancer transcriptome. Science. PubMed: 28818916 DOI: 10.1126/science.aan2507

 

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