R语言linkET包绘制相关性组合网络热图

您所在的位置：网站首页 › 双向manteltest的相关性热图 › R语言linkET包绘制相关性组合网络热图

R语言linkET包绘制相关性组合网络热图

2024-06-22 18:39| 来源: 网络整理| 查看: 265

热图就是使用颜色来表示数据相关性的图。能绘制热图的R包很多，既往我们已经介绍了《R语言pheatmap包绘制热图》，今天咱们来介绍一下R语言linkET包绘制相关性组合网络热图。相关性热图的意思热图和其他数据的关联性，比较的是多数据间的内在关系。在这里插入图片描述 linkET包是我们的一个国人写的，目前需要使用devtools::install_github下载，作者对包的描述是万物皆可互联，还挺有意思的。我们先下载包下来， devtools::install_github(“Hy4m/linkET”, force = TRUE) 有时候Rstudio会提示你要更新其他的包吗？这里选3，不更新就可以了下载好包后我们把包和数据导入，因为是相关性热图，所以需要导入两个数据

library(linkET) library(ggplot2) library(dplyr) varespec% qcorrplot() + geom_square()

在这里插入图片描述再来个双数据的

correlate(varespec[1:30], varechem) %>% qcorrplot() + geom_square()

在这里插入图片描述进行个性配色修改

correlate(varespec[1:30], varechem) %>% qcorrplot() + geom_square() + scale_fill_gradientn(colours = RColorBrewer::brewer.pal(11, "RdBu"))

在这里插入图片描述 Qcorrplot函数能把系数化的矩阵图示化

qcorrplot(correlate(varechem)) + geom_square() + scale_fill_gradientn(colours = RColorBrewer::brewer.pal(11, "RdBu"))

在这里插入图片描述 Type系数可以控制我们取局部图形，比如我只想取下半截

qcorrplot(correlate(varechem), type = "lower") + geom_square() + scale_fill_gradientn(colours = RColorBrewer::brewer.pal(11, "RdBu"))

在这里插入图片描述使用set_corrplot_style()函数和geom_square()函数还可以定制自己的风格，比如我想改方框为圆形，定义颜色为红色、蓝色和白色

set_corrplot_style(colours = c("red", "white", "blue")) qcorrplot(correlate(varechem), type = "lower") + geom_shaping(marker = "circle")

在这里插入图片描述想要从新回复成系统自定义颜色可以使用

set_default_style()

下面咱们来进行相关性的网络热图绘制，绘制前要进行一个曼特尔试验，R包作者是这样说的，相异矩阵的Mantel和偏Mantel检验。，这里注意一下spec_select选择分类的是列的引索值，varespec数据刚好44列

mantel

【本文地址】

R语言linkET包绘制相关性组合网络热图

R语言linkET包绘制相关性组合网络热图

今日新闻

推荐新闻