大多数腱鞘巨细胞瘤表现为突出皮肤表面的肿物，可以首先就诊于骨科或皮肤科。

腱鞘巨细胞瘤的首选治疗方法是手术切除，放射治疗和全身系统治疗并非首选。

沿着肿瘤边界将其完整切除是局灶型腱鞘巨细胞瘤的标准治疗方法。

而弥漫型腱鞘巨细胞瘤较难完整切除，需要进行完全或近全滑膜切除术。弥漫型腱鞘巨细胞瘤累及的范围较广泛，常导致严重的骨破坏，此时常需要刮除植骨。侵犯韧带和关节囊时，需要一并切除并进行韧带重建。

部分研究提示在手术前后辅助放射治疗有助于控制局部病变的发展。

对于 CSF1-COL6A 基因易位导致的腱鞘巨细胞瘤，如果病灶复发且无法完全切除，可以口服抑制 CSF1R 的药物如 pexidartinib 、尼洛替尼、伊马替尼、单克隆抗体 emactuzumab 等进行全身系统治疗。

腱鞘巨细胞瘤在手术切除后有一定的复发比例。组织病理类型为局灶型的腱鞘巨细胞瘤复发率较低，约为 10% ，但弥漫型较高，约为 19～44% 。

复发与年龄、肿瘤大小、部位等因素无关，而与肿瘤弥散性分布、缺少包膜、肿瘤侵犯韧带或肌腱、肿瘤导致骨侵犯等因素有关。

手术一般需要住院，在手术前就应当戒烟，并且注意保持手术切口部位的清洁干燥。

如果切口部位有较多渗出液，应当及时告知医生。出院后应当定期到门诊进行换药和按时拆线。

腱鞘巨细胞瘤经明确诊断后应当尽快完整切除，放射治疗和全身系统治疗效果不确切。