卤鸡蛋在制作过程中会用到多种调味料，容易产生单宁酸。单宁酸会和鸡蛋中的蛋白质发生化学反应，产生凝固性物质沉积在体内，影响人体对蛋白质的吸收和利用。鸡蛋的蛋黄中含有丰富的铁元素，不过如果做成卤鸡蛋，可能会形成硫化铁，不利于人体吸收铁元素。

想要让卤鸡蛋保持良好的口感，通常需要长时间卤制，鸡蛋会被反复的煮。在反复卤制过程中，其中的蛋白质很容易发生变性，以至于无法被人体吸收。同时鸡蛋中的维生素和微量元素也会因为长时间的水煮而大量流失，导致其营养价值降低。如果不想过多破坏卤鸡蛋的营养，尽量缩短卤制时间。