本品主要引起胃肠道不良反应，其与药物阻止摄入脂肪吸收的药理作用机理有关。常见不良反应为油性斑点(便)、带便性胃肠排气、大便紧急感、脂(油)性便、脂肪泻、大便次数增多和大便失禁。临床研究不良反应:奥利司他胶囊在国外进行了7项随机双盲、安慰剂对照临床试验，服用第年和第二年的数据显示， 最常见的不良反应主要是胃 肠道症状(在此定义常见不良反应发生率≥5 ％，奥利司他胶囊0.12g组至少是安慰剂组的两倍)。奥利司他胶囊常见的不良反应这些胃肠道不良反应通常是轻度和一过性的，常在治疗早期(前3个月)出现，大部分病人在治疗第二年即显著降低。约50％的胃肠不良反应持续1周，多数不会超过4周。但个别病例也会超过6个月或更长。随膳食中脂肪成份增加，上述不良反应发生率也相应增高。患者应被告知发生胃肠道反应的可能性，以及应如何妥善处理，诸如改善膳食结构，尤其是脂肪含量的控制。低脂膳食可减少发生胃肠道不良反应的可能性，这有助于患者自行检测和调整脂肪摄入量。在以上试验中还观察到其它2 ％的不良事件(奥利司他胶囊0.12g组高于安慰剂组) : 腹痛/腹部不适、腹胀、恶心、呕吐、水样便、软便、直肠痛/不适、牙齿/牙龈不适、上/下呼吸道感染、流行性感冒、耳鼻及咽喉症状、背痛、肌痛、关节炎及功能紊乱、头晕、头痛、疲劳、焦虑、睡眠障碍、皮疹、皮肤干燥、月经失调、阴道炎、泌尿道感染等。上市后不良反应:使用奥利司他已有罕见的转氨酶升高、碱性磷酸酶升高和重度肝炎的报告，并出现肝功能衰竭病例，其中部分患者需要进行肝移植或可直接导致死亡。奥利司他还有发生罕见的过敏反应的报道，主要临床表现为瘙痒、皮疹、荨麻疹、血管神经性水肿、支气管痉挛和过敏性反应，出现大疱疹十分罕见。上市后监测还发现有胰腺炎的报道。患者联合服用奥利司他和抗凝血剂时，会发生凝血酶减少、国际通用出凝血时间正常值比值(INR, International Normalized Ratio)增加及抗凝血剂治疗失衡而导致血凝参数的改变。曾有报道在奥利司他与左旋甲状腺素合并使用时发生甲状腺功能低下(甲状腺功能减退症)。4年的临床研究结果显示，一般不 良事件发病率和胃肠相关不良反应的发生率逐年有所减少。在12~16岁青少年患者服用奥利司他的临床试验中，不良反应特征与成人相似。