中国医学科学院阜外医院擅长心血管外科、心血管内科、肾内科、核医学科、放射科相关疾病的治疗，上述科室均是集医疗、科研、预防和人才培养于一体的国家重点学科，拥有核心前沿医疗技术。

科室的成人外科中心是阜外医院外科系统最大的诊疗中心，也是目前全世界最大的成人心脏外科中心之一，小儿心外科中心是国内乃至全世界最大规模的先心病诊断与治疗中心之一，其治疗水平处于国内第一和世界领先。

现有国内第一家心力衰竭重症监护病房，是国内首家重症心力衰竭患者新药临床研究的平台；高血压中心在继发性高血压鉴别诊断研究工作处于国际先进地位，其心血管大规模临床试验等方面的研究具有重要的国际影响。

依托于阜外强大的心血管平台、秉承协和深耕临床的基因、广纳八方贤才而建，旨在诊治及研究日益增多且危害巨大的肾脏疾病。其中，心肾相关性疾病是科室诊疗的重点，包括心肾共因疾病和心肾互因性疾病，科室对于该类型疾病研究处于国内领先地位。

是我国最早建立的心血管核医学临床和科研机构，且一直保持着国内领先并具有重要国际影响力的地位。科室在冠心病心肌缺血诊断、肺栓塞诊断等方面具有专长，是国内心血管核医学指南及临床路径的主要制定者，临床研究成果被欧洲临床诊疗指南所引用。

是以心血管影像学诊断及介入治疗为中心的医教研三结合科室，采用介入技术治疗各类心血管疾患10000余例，总技术成功率达98%以上，治疗项目，数量，效果均达国内先进水平，部分达国际水平；并发症及死亡率低。