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最近很久没有更新文章了。单细胞测序方法又有了新的突破。最近Fluent BioSciences公司在 Nature Biotechnology 杂志上线Microfluidics-free single-cell genomics with templated emulsification文章。其实去年该公司的文章已经在预印本网站上线了,不单单是PIPseq ,还有RevGel-seq也在预印本网站上线。链接拿走。RevGel-seq: instrument-free single-cell RNA sequencing using a reversible hydrogel for cell-specific barcoding | bioRxiv 基于这两种微流控-free的单细胞测序技术:PIPseq技术和RevGel-seq,各诞生了一家公司,分别是Fluent BioSciences以及Scipio BioScience。我们分别谈谈两家公司的技术路线以及发展历史。 首先,先看一下Fluent BioScience这家公司的技术来源。通讯作者Adam R. Abate. 以下是他的简历。 Adam团队2018年在 analytical chemistry 杂志发表文章Particle-templated emulsification for microfluidics-free digital biology。该文章通过振荡液滴包裹微球以及DNA分子形成油包水结构,从而进行数字PCR。作者本人也开始着手开发基于此技术的单细胞测序技术PIPseq。基于此技术,Fluent BioSciences诞生。 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6122844/PIPseq技术路线如下图。PIPseq通过热激活的蛋白酶K(PK)实现细胞的裂解。 再看一下Scipio BioScience,创始人Stuart Edelstein是法国科学院外籍院士。其团队发明的RevGel-seq单细胞测序方法专利也是早在2018年就公布了,这个时间与Fluent BioSciences成立时间相仿。RevGel-seq技术路线如下。该公司推出的单细胞测序试剂盒能够实现15000个单细胞测序的通量。 技术路线如下 细胞与编码微球配对:微球和细胞表面有类似于生物素和链霉亲和素结合的修饰,使得细胞和beads能够配对。凝胶溶液稀释细胞/beads 对。凝胶固化细胞裂解以及beads捕获RNA反转录以及文库构建至于数据质量,PIPseq V3 的PBMC, 捕获率为1/4的时候,基因中位数能达到900,总体还算可以。至于其最新推出的V4版本试剂盒,细胞捕获率能达到惊人的85%。数据连接如下 RevGel-seq的测试数据还未公布,没办法看看。 哈哈,不知道国内单细胞测序企业看到这两家公司有啥反应呢。哈哈哈,反正国内公司不差钱,哪位大佬,有钱的话直接把他们收购算了,扩充自己的产线。 |
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