单纯疱疹多为隐匿感染，约10%的患者可出现症状，经治疗或自然缓解后，病毒潜伏于局部神经节，使宿主出现隐性感染。通常单纯疱疹病毒的预后较好，可以自愈，但自愈过程不能一概而论。

如临床上口腔单纯疱疹病毒感染的患者，开始时嘴巴黏膜交界部位，可以出现红斑聚集水疱，随之水疱干枯结痂，慢慢脱落，逐步消失，通常都可以自愈。对于生殖器单纯疱疹感染的患者，患病初期可以有烧灼感或隐痛感，其后出现红斑聚集性小水疱，破溃形成糜烂面或浅表溃疡。

单纯疱疹病毒的自愈性取决于患者机体免疫功能，如果患者机体免疫功能较好，疾病恢复会较快。如果患者机体免疫较差，合并糖尿病、高血压，甚至恶性肿瘤，以及HIV病毒感染时，则恢复时间会较长，且部分患者会继发其他感染。