医疗机构销售药品征收增值税应该根据国家有关规定进行征收。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》，医药机构销售药品可以享受一般纳税人征税政策，也就是医药机构销售药品的增值税税率为17%。但是，根据《增值税改革税收扩范暂行条例》，获得国家税务总局规定的特殊征税政策的，可以以6%的税率征收，其中包括医药机构销售的药品。

此外，一些涉及国家重点支持的产品和服务，如新药、抗肿瘤药物、西药、中成药、中草药、保健食品等，可以享受减税或免税政策。

拓展知识：在增值税减免政策中，特定药品还有减按3、9或15%征收的政策。这些药品有两类：一是处方药，如抗肿瘤药物、新药、西药、中成药、中草药等，可享受3%的减按税率；二是非处方药，如抗生素、抗病毒药物、神经科药物、抗凝血药品、心血管类药物等，可享受9%的减按税率。此外，一些保健食品也可享受15%的减按税率。