科研基础漫谈(2)

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科研基础漫谈(2)

2022-08-02 20:20| 来源: 网络整理| 查看: 265

自从我上次回答了“科研大牛们怎么读文献”以后,不少小伙伴询问,如何查看Nature, Science, Cell等顶级期刊的文章……这促使我想搞个《科研基础漫谈》系列。第一期我们已经讨论了《做科研推荐什么浏览器/搜索引擎?》,这一期我们主要讨论科研常用的数据库和期刊。由于我自己是生物医学方向的,因此主要介绍生物医学科研相关的数据库和期刊。

目录:

文献检索数据库常用的学术期刊—一家独大、三足鼎立、四大金刚、国货之光

文献检索数据库

NCBI

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

NCBI全称是National Center for Biotechnology Information,即美国国家生物技术信息中心,目前这个网站上包含了40个数据库以及众多工具。在40个数据库中,最常用的就是生物医学文献数据库PubMed。当然,经常用到的还包括:Nucleotide,查基因序列;Structure,查蛋白结构……NCBI可是个大宝库,有的人博士都读完了,这40个数据库大部分都还没点开过……

PubMed

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/

PubMed是生物医学研究者最常用、最权威的文献数据库。正如首页描述的一样,PubMed的文献来源于MEDLINE, 生命科学杂志以及在线的书籍,目前里面包含了3000万的文献。

有一点担忧:NCBI及其子数据库PubMed是美国国立卫生研究院(NIH)维护的数据库,目前全世界的生物医学研究者每天都在使用,如果哪一天中美关系恶化到冰点,NCBI不再对中国开放,那么至少在一段时间内,生物医学的科研可能会受到很大的冲击!

Google Scholar

https://scholar.google.com/

Google Scholar于2004年11月发布了beta版本,时至今日,已经是个16岁的青少年了!由于Google本身并不发布Google Scholar中有多少的学术期刊、预印本杂志、技术报告、专利等等,因此很多人尝试来预测Google Scholar中有多少文件。据2014年PLoS One的一篇文章报道,Google Scholar差不多可以覆盖80~90%的英文文献,大约有1亿份文件。截止到2018年1月,预计Google Scholar中有3.89亿文件。(参考维基百科词条Google Scholar)

Google Scholar不仅可以查文献,也可以查一些科研工作者,比如我在上一期《做科研推荐什么浏览器/搜索引擎?》里面讲到过,我主要用Google Scholar来查科研工作者的H-index。

注意,Google Scholar的搜索算法跟PubMed不一样,因此使用相同的关键词在两个数据库中进行搜索时,结果是不一样的。有时候在PubMed中搜不到满意结果时,会到Google Scholar中再试试。

GeenMedical

https://www.geenmedical.com/

说实话,GeenMedical (GM) 确实挺令我意外的。一是存活时间很长,二是里面的文献非常丰富,三是使用体验整体还是很不错的。关于GM,我们找到了他们在微信公众平台上推送的一篇文章“GM:「世界第一」SCI全文数据库,我做到了!”,里面有一段描述是这样的:

GM通过攻破谷歌学术核心数据库,使用AI联机智能爬取技术对现有互联网存在的PDF全文进行抓取,处理后我们获得了4000万合法PDF全文链接。所以,你使用的是SciHub,GM使用的是SciHub+4000万免费合法全文链接。

GeenMedical里面的文献主要来源于SciHub和Google,如此说来,GeenMedical可能是个比SciHub更全的文献下载数据库。

比如我随便搜索了一下cancer hallmark,得到了很多结果,比较棒的是,可以根据文献类型、出版年份、影响因子和排序规则等对文献进行筛选和排序,使用非常便捷。在标题后面,我们看到了三个小图标,分别是复制标题、翻译标题和收藏,收藏了以后多篇文献可以一键下载。

看到GeenMedical,前面对于PubMed的担忧似乎有一些缓解,如果GeenMedical一直如此强大和好用,那么其实不用PubMed也是没有问题的。此外,看搜索栏上面的 “NSFC检索、投稿选刊、医学头条、文献翻译、名师荐读、知网查重”等菜单,GeenMedical应该还有很多更棒的功能,我还没有进行系统地探索。

知网

https://www.cnki.net/

知网因为“翟天临事件”而顺利出圈,可见知网对于国内研究生群体中是必备的数据库。可能文科相关的专业使用地更多一些,而我们搞生物医学研究的,使用知网极少,看的几乎都是英文文献。

CNKI介绍:国家知识基础设施(National Knowledge Infrastructure,NKI)的概念由世界银行《1998年度世界发展报告》提出。1999年3月,以全面打通知识生产、传播、扩散与利用各环节信息通道,打造支持全国各行业知识创新、学习和应用的交流合作平台为总目标,王明亮提出建设中国知识基础设施工程(China National Knowledge Infrastructure,CNKI),并被列为清华大学重点项目。

当然,极少数时候,希望快速理解一个全新的概念时,可能会去知网上找中文的综述读一下。

万方

http://www.wanfangdata.com.cn/index.html

万方跟知网使用的原因类似,只有找中文文献时才会浏览。

常见的学术期刊

之前有小伙伴问我,我看的Nature和Science都是从哪里下载的。这……其实只要把搜索引擎切换为Bing或Google,直接输入关键词即可,其余所有期刊类似。

另一个概念是,这些杂志跟我们日常读到的其他杂志,比如《人物》、《读者》等,本质上没啥差别,只不过Nature上面刊登一些学术文章,而《人物》杂志等刊登人物相关的文章而已。当你真正买一本Nature杂志时你就知道了。Nature上除了学术文章,其实包括其他的很多栏目,对读者更友好,还有一些广告啥的。

当然,这种学术杂志要比一般的生活杂志贵得多!!!一般是科研机构或高校会订阅,很多学校的图书馆里面可能有,大家可以找一下。

下面我们用一些关键词对生物医学领域的一些期刊进行归纳。

一大神刊

CA-A CANCER JOURNAL FOR CLINICIANS

https://acsjournals.onlinelibrary.wiley.com/journal/15424863

这本期刊令所有科研工作者“闻风丧胆”,当很多博士奋斗五年却还在未5分的论文而焦头烂额时,你能想象一本杂志的影响因子超过220吗?是的,2018年,CA的影响因子为223.679。如此说来,在CA上发一篇文章就足够一个博士毕业44次。哈哈哈!

当然,不是谁都能在CA上面发文的,我们不妨先看看CA上都发了些啥。最著名的当属Cancer statistics系列,每年美国癌症学会(American Cancer Society)都会发布全美的癌症统计数据。一经发布,此文成为所有肿瘤学相关研究的背景介绍中关于癌症发生率阐述的必引文献。比如Cancer statistics, 2019,去年1月8号发布的,到现在(5月22号)已经被引用了3594次。

三足鼎立

如果说CA是学术界的远古传说,CNS(Cell, Nature, Science)是江湖中的三大扛把子,呈现三足鼎立之势。不过说到底,占据C位的Nature可能还是那个带头大哥,影响因子略胜一筹;但整体上三本杂志不分伯仲,不能说你发了Nature就比别人发了Cell的要更牛一些,没有这个说法。

Nature

https://www.nature.com/

Nature是个综合性期刊,啥天文地理、自然科学、人文社科,来者不拒。Nature的口碑过于良好,稿源不愁。Nature出版集团的精明大脑们自然也意识到这一点,于是开始疯狂增加子刊。在官网最上方有个Menu,里面有个View all journals,我们不妨看一下Nature出版集团的印钞机版图。

请大家自行膜拜:https://www.nature.com/siteindex

从A到T,就问你强不强!这简直就是后宫佳丽三千人……除了Nature主刊,所有的这些,在吹牛时你都可以说是Nature的子刊。就像一家手机厂商生产不同价位的手机一样,Nature出版集团的期刊们,影响因子从四五十分,到四五分(或更低),全部都有,真是通吃的大赢家。

要看Nature正刊的话,在首页往下拉动一点点,右下角就是(我红色框框圈出来了)。Nature的研究性文章一般看Articles。之前有Letters,现在好像没有了。

Science

https://www.sciencemag.org/

Science是美国科学促进会(American Association for the Advancement of Science, AAAS)的期刊。相比Nature,Science的子刊就要少得多。在首页菜单栏Journals中,我们可以看到Science的子刊。

如果要看这些期刊,在官网首页往下拉,中间的位置可以看到Journals,点进去就是当期的期刊了。Science的研究性文章包括Research Articles和Reports.

Cell

https://www.cell.com/

在Cell官网首页最右边我们可以看到Cell的子刊,分为研究性期刊(25本),综述性期刊(16本)以及合作性期刊(9本)。

或者首页往下拉,也能看到具体的杂志清单。

Cell 顾名思义,主要还是聚焦生命科学。由于目标人群比较集中,因此不同于综合性期刊Nature和Science,Cell全文会比较长,有点长篇大论,反正看的人都是专业人士。

四大金刚

当然,在医学领域,不得不提的是四大金刚:新英格兰杂志(NEJM)、柳叶刀(The Lancet)、JAMA和BMJ。这四大金刚中三个的影响因子都超过了三足鼎立。最近新冠相关的研究在这四大期刊上疯狂地发,影响因子估计又要水涨船高!

老牌期刊

PNAS: PNAS是美国科学院院刊,其实也有个说法是PNAS跟CNS并列为四大杂志。但由于PNAS的影响因子只有9.58(2018),实在无法跟CNS平起平坐。不过PNAS绝对是质量的保证。

JBC (The Journal of Biological Chemistry):虽然现在JBC的影响因子只有4.106(2018),但不要忘了,JBC可是有115年历史了,很多获得诺奖的研究成果都发在JBC上(https://www.jbc.org/site/misc/nobelprize.xhtml)。因此即使JBC现在像个没落的贵族,但大家不曾忘记他昔日的辉煌,JBC口碑依然不错。

JEM(Journal of Experimental Medicine):创刊于1896年,也是老牌期刊,很多诺奖级成果也在JEM上。JEM由洛克菲勒大学出版社出版,2018年影响因子为10.892。

综述相关

综述相关的杂志有很多,比如刚才提到的Cell的Trends Reviews Journals系列,此外比较出名的是Nature Reviews系列,比如我看的比较多的是Nature Reviews Cancer (51.848), Nature Reviews Genetics (43.704), Nature Reviews Drug Discovery (57.000),你看这些综述的影响因子都是超过正刊的。

值得一提的是,美国加州的非营利性出版社Annual Reviews推出了众多综述杂志,包括生物医学/生命科学综述杂志32本,物理16本,社会学16本,经济学3本。比如我有时候会看的包括Annual Review of Genetics (9.184), Annual Review of Cell and Developmental Biology (10.833).

杂志目录:https://www.annualreviews.org/action/showPublications

还有冷泉港实验室出版社的Perspectives系列,包括Cold Spring Harbor Perspectives in Biology, Cold Spring Harbor Perspectives in Medicine。在Protocol方面,冷泉港实验室的Cold Spring Harbor Protocols杂志也是很有名的。

https://cshperspectives.cshlp.org/

http://perspectivesinmedicine.cshlp.org/

国货之光

看了这么多,大家一直感慨,中国在学术期刊这块实在薄弱。而近些年,其实国产期刊已经有一些改善。国产期刊的清单见:

http://www.home-for-researchers.com/static/index.html#/china_ifsearch

目前影响因子最高的当属Cell Research,由Springer Nature与中国科学院上海生物科学研究所合作出版,预计Cell Research的影响因子很快就要突破20了。

Cell Research: https://www.nature.com/cr/

学术期刊其实是学术话语权的重要体现,不能老是把最好的研究送到英美主导的期刊上,而且还要给别人送钱。学术期刊本身是一个比较奇幻的东西,自己花了几十上百万做出来的研究成果往别人那里送,发表时还要给别人一大笔钱,版权还是别人的,最后自己下载自己的研究甚至都还要花钱。

有了国产期刊,至少版权和花钱都在自己国家。当然,学术期刊还是个非常严肃的事情,要把好关,不能让学术期刊变成利益输送的机器。

Anyway,今天就侃到这里,以后再聊~



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