中科星图是具有国企背景，但股份不完全由国家持股。它的控股股东为中科九度(北京)空间信息技术有限责任公司(持有中科星图股份有限公司股份比例：31.43%)，后者由中科院电子所信息技术创新工程中心的产业化团队发起成立，实际控制人与最终控制人为中国科学院电子学研究所。