扁平疣去医院治疗费用大概是在50-500元不等，具体价格和选择的治疗方式、医院级别等有密切关系的。常见的治疗方法如下：

1、药物治疗：扁平疣是由于感染人乳头瘤病毒引起的皮肤病变，对于数量较少的，可以选择药物治疗。如干扰素凝胶涂抹治疗，这个费用大概在100左右。药物需要在医师的指导下使用的。

2、物理方法祛除：常用的就是激光或者冷冻的治疗方法，一般是根据个数来收费的，费用大概在50-500不等。具体需要根据扁平疣的数量来看的。