凝胶迁移实验是一种使用非变性PAGE的测定DNA结合实验。它提供了一种简单、快速并且非常灵敏的检测序列特异性DNA结合蛋白的方法。蛋白与末端标记的DNA片段结合形成一个独立的蛋白-DNA复合物。你可以用此方法检测纯化蛋白或粗提取物中的未知因子与DNA的结合。该方法也可以实现对DNA结合蛋白的亲和性、丰度、结合速率常数、解离速率常数，以及结合特异性进行定量分析。

超迁移实验是凝胶迁移DNA结合实验的一种变形，它使用抗体检测蛋白-DNA复合体中的蛋白。向一个结合反应内加入一种特异性抗体可能会产生下面几种效应。如果被抗体识别的蛋白与复合体的形成无关，那么加入抗体应当对电泳没有任何影响。如果形成复合体的蛋白被抗体识别，那么该抗体或者将阻止复合体的形成，或者将形成一个抗体-蛋白-DNA三元复合物，从而导致蛋白-DNA复合体迁移率的进一步下降（超迁移）。在蛋白结合DNA前还是结合后加入抗体，结果可能会不同（特别是当抗原表位是在蛋白与DNA结合区域时）。