4、有哪些技术手段可以进行空间转录组研究？

已发表的关于空间转录组技术有Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。这些方法或是在细胞数量上限制较大，或是存在有效测序深度不足等问题。

10x Genomics公司提供的Visium空间基因表达解决方案是目前唯一一个高通量空间转录组的商业化解决方案。该解决方案可以轻松地将空间转录组学技术应用到组织切片和染色的标准方法中，从而研究空间分辨率下整个转录组mRNA的表达情况，同时在同一组织切片中获得组织学相关信息。

5、10x Genomics空间转录组的实现原理是什么？

10x Genomics空间转录组用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域，每个捕获区域的大小为6.5x6.5mm，包含5000个被条形码标记的点（barcoded spots），每个点的直径为55 μm，点和点之间中心的距离为100 μm，并且每个点都有一个唯一的barcode序列。

组织切片的细胞中会释放出mRNA，迁移到每个spot的mRNA会被标记上相应的barcode序列，然后进行文库构建并进行测序。

最后，根据数据的条形码信息对数据进行分析，以确定哪些数据来自哪个位置，从而实现空间基因表达的可视化。

6、10x Genomics空间转录组技术的准确性高吗？

下图是一个将10x Genomics空间转录组技术应用于小鼠海马体研究的案例。A图为脑组织切片的HE染色结果，从10x Genomics空间转录组分析结果中，可以清晰看到Tmsb4x（B图）和Selenow（C图）在海马体区域高表达，和已知的研究结果一致性较高。

7、10x Genomics空间转录组的应用方向有哪些？

10x Genomics空间转录组技术可以应用于肿瘤、免疫、发育、神经和病理等研究方向。

8、10x Genomics空间转录组技术适用于哪些组织样本？

除了皮肤、胰腺和骨头组织外，其余样本类型均可开展10x Genomics空间转录组研究。

10x Genomics公司已经测试完毕的组织类型有：

人：心脏、肾脏、卵巢、乳房、淋巴结、大脑、大肠、肺、脾脏

小鼠：大脑、眼睛、心脏、肾脏、大肠、肝脏、肺、卵巢、四头肌、小肠、脾脏、胃、睾丸、甲状腺、舌头

大鼠：大脑、肾脏、心脏

9、基于10x Genomics空间转录组技术的已发表的文献有哪些？

10、开展10x Genomics空间转录组需要做哪些准备？

空间转录组是一项十分前沿的技术，涉及到很多细节方面的准备工作，例如组织类型的选择、前期预实验的设计、病理区域的确认等一系列内容。而且实验中存在很多不确定性因素，处理不慎容易导致整个项目失败。

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