①植物种类

按中国植物地理区划，兴隆山自然保护区地处黄土高原亚地区，境内植物区系成分相当复杂，种类亦多；保护区内有多样的植被类型及阴湿的水热条件，丰富的腐殖质，低等植物种类也多。是甘肃省境内的一个重要基因库。

兴隆山自然保护区植物种类相当丰富。据统计，大型真菌类有19科、55属109种，高等植物有120科、452属、1022种。其中苔藓植物23科、32属、49种；蕨类植物12科、19属、25种（包括2个变种）；种子植物85科、401属、948种（包括11个亚种、73个变种和9个变型）。

兴隆山自然保护区高等植物除引种栽培的40种所属科、属外，计有117科，435属，982种。其中苔藓植物49种，占总数的4.99%；蕨类植物25种，占总数的2.55%；种子植物908种，占总数的92.46种。

种子植物908种，隶属于82科，384属，占全国种子植物总科数的27.2%；占总属数的12.3%；占总种数的3.7%。从区系成分看，被子植物科、属、种最多，为优势种群。

兴隆山自然保护区植物科属种统计表（引种栽培种除外）

按中国植物地理区划，兴隆山自然保护区属泛北极植物区，中国——日本森林植物亚区、华北地区黄土高原亚地区。区划本身表明，植物区系在地理上或发生上与周围地区，也与世界其它一些地区有着广泛的联系。植物区系成分多数为华北区系成分。保护区内植物资源丰富，以被子植物占绝对优势，其中以菊科、毛茛科、禾本科、蔷薇科、豆科为优势科，苔属、柳属、马先蒿属、委陵菜属、风毛菊属等为优势属。种子植物区系的温带性质，在科、属、种方面都表现明显，特别是北温带成分占优势。兴隆山自然保护区植物区系具有明显的过渡性质，区内汇集了欧、亚草原植物亚区，中国——日本森林植物亚区和青藏高原植物四大植物区系成分，在空间分布上也呈现出一定的分布规律，如在兴隆山浅山区以中国——日本植物亚区中的华北成分为主。海拔2200～3000m的地带多含有中国——喜马拉雅成分，而在海拔3000m以上的马啣山，则具有明显的唐古特区系特征。此外兴隆山自然保护区的区系成分还具有年轻的特征，区系组成中仅含有少量的古老属种，占绝对优势的是以现代植物类群为代表的年轻成分，而且正处于分化过程中。

保护区内列入国家二级保护植物有24种，列入《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录Ⅱ的保护植物有21种，同时具有重要保护价值的国内特有种有大果圆柏、紫果云杉、巴山冷杉、油松和榆中贝母。

②植被

兴隆山自然保护区分布有森林、灌丛、草原及高山草甸等植被类型。它们是具有各自特征的生态系统。这些生态系统组合为巨大的复合生态系统，形成以森林为主体的自然复合体。其间，生物与其环境之间的相互依存、相互制约的复杂关系，从而维系着最适宜的生物结构图式，构成自然整体。

兴隆山自然保护区的植被划分为6个植被型，20个群系组，30个群系。

兴隆山自然保护区因地域纬度和经度的跨度小，热量纬向变化和经向水分变化不明显，植被的水平带分布没有明显表现。同时，本区系黄土高原上孤岛状的石质山地，地势高耸，气候条件呈明显垂直变化；对于植被的形成及植物种类的分布有着深刻影响，导致地带性分布。且因马啣山北麓的逆断层分为马啣山褶穹和兴隆山褶凹两个构造单元，可视其为同一巨大山体，其植被垂直带状分布十分显著。

草原带  为山地植被垂直带的基带，分布于海拔1800～2000m；它是水平地带性植被向山地延伸部分。主要植被类型，是以甘青针茅、长芒草、细裂叶莲蒿、冷蒿以及大针茅等组成的的草原群落。

山地灌丛带  分布于海拔2000～2200m的山地，为草原向森林植被的过渡地带。植被类型主要以黄蔷薇、黄刺玫、虎榛子、水栒子、紫丁香以及甘肃小檗、沙棘、乌柳等为优势种组成的群落，系次生落叶灌丛。

亚高山针叶林带  分布于海拔2200～2900m的山地，在某些地段可分布至3000m左右。此植被垂直带构成保护区山地森林的主体，以寒温性针叶林为其代表。本带的下部及中部，海拔2200～2600m以青杄为主要建群种组成的森林群落，分布于阴坡。其上限可延伸至海拔2750m，在青杄林分布的上限可见红桦与之混交。山的阳坡为落叶阔叶林，以次生辽东栎林为主，局部地段有山杨、白桦侵入，组成混交林。形成阴坡针叶林，阳坡阔叶林的分布格局。

海拔2750～2800m以上地方，分布青海云杉林，常混生红桦；在局部地段分布有紫果云杉和巴山冷杉，并以其为建群种形成的群落，为保护区暗针叶林分布的上限。

林下灌木层的优势种，主要有华西箭竹、甘肃小檗、陕甘花楸、水栒子、金花忍冬、甘肃山楂、黄刺玫等种类。草被层的主要植物有苔草属的一些种类及羽节蕨、糙苏、淫羊藿、川赤芍、鹿蹄草以及几种唐松草等。苔藓层较发育，主要有灰藓、绢藓等种类。

亚高山矮林带  分布于海拔2900～3000m，处于森林分布线上限的狭窄局部地带，生长以糙皮桦组成的森林群落。由于气候寒冷，常年大风，生境恶劣，糙皮桦生长矮小，树干弯曲，丛生状，并顺风向倾斜生长，呈稀疏灌丛状分布。

高山灌丛带  主要分布于海拔3000～3500m，在某些地段可向下延伸至2900m左右。高山灌丛主要由黄毛杜鹃、青海杜鹃、百里香杜鹃、烈香杜鹃及高山绣线菊、银露梅、小叶金露梅、山生柳等种类组成。它们分别为高山常绿革叶灌丛和落叶阔叶灌丛。

高山草甸带  分布于海拔3500m以上的高山带。组成此植被带的优势种有高山嵩草、矮嵩草、线叶嵩草、星状风毛菊，其次的种类有黑褐苔草、珠芽蓼、甘青虎耳草、黑蕊虎耳草、五脉绿绒蒿、全缘绿绒嵩、小银莲花、圆穗蓼等适应于高山气候特征的植物组成。