文献笔记五十六：武汉新型冠状病毒的进化分析 |
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文献笔记五十六：武汉新型冠状病毒的进化分析
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论文题目 Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission 2020年1月21日 SCIENCE CHINA Life Sciences 研究单位 image.png 主要的研究内容Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak 武汉新型冠状病毒的进化分析modeling of its spike protein for risk of human transmission 传播风险建模（这部分内容自己暂时还没有看懂）本篇笔记重点关注进化分析部分论文中的进化分析用到了64条冠状病毒的全基因组序列 其中有6条是武汉新型冠状病毒基因组序列 本篇笔记中64条序列其中59条序列下载自NCBI数据库，包括一条武汉新型冠状病毒序列，另外5条武汉新型冠状病毒基因组序列下载自百迈客的数据库http://ncovdb.biocloud.net/page/download/download  图一A 本篇论文中图一A中提到 Phylogenetic tree of coronaviruses based on full-length genome sequences. The tree was constructed with the Maximum-likelihood method using RAxML with GTRGAMMA as the nucleotide substitution model and 1000 bootstrap replicates 构建进化树使用的是全长基因组序列进化树软件使用的是RAxML核苷酸替代模型是 GTRGAMMA1000 次bootstrap并没有提到序列比对用到的软件 我这里比对使用mafft软件代码语言：javascript复制mafft novel_virus.fasta > novel_virus_aligned.fasta 使用在线程序http://www.sing-group.org/ALTER/将比对结果转化为phylip格式构建进化树参考文章https://www.plob.org/article/1107.html 代码语言：javascript复制raxmlHPC -p 12345 -# 1000 -m GTRGAMMA outputResult -s novel_virus_aligned.fasta.alter.phy -n test自己平时构建进化树很少使用raxml这个软件，自己用的比较多的是iqtree，所以接下来的分析自己也尝试用iqtree。遇到的问题是：不知道GTRGAMMA对应的是IQtree里的哪个模型；为了加快运行速度，我这里选用了iqtree的JC模型，使用-bb参数做bootstrap重复 不知道结果会不会与论文中有出入 命令是 代码语言：javascript复制iqtree -s novel_virus_aligned.fasta -pre novelvirus -bb 1000 -nt AUTO -m JCnovelvirus.treefile是最终的进化树文件 使用R语言的ggtree来可视化进化树文件 代码语言：javascript复制library(ggtree) tree |
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