一般来说，测序仪下机的数据称为raw data，经过以下两步处理之后变成了clean data才能用于数据分析：

(1) 去除含有接头的Reads；

(2) 去除低质量的Reads（包括去除N的比例大于10%的Reads；去除质量值Q≤10的碱基数占整条Read的50%以上的Reads）

不过raw data和clean data并没有一个权威的定义，不同的文章和公司可能会提供不一样的解释，不变的是：clean data是raw data经过处理得到的直接用来分析的数据。

如果需要看懂公司提供的转录组分析结果，建议观看教程：转录组分析结果的解读（适合有参）或者转录组分析结果的解读（适合无参），如果想自己在公司提供标准分析的基础上做些个性化分析，可以观看：转录组标准分析后的数据挖掘，以及转录组高级分析WGCNA：WGCNA-加权基因共表达网络分析。