R语言散点图

2023-09-09 21:37| 来源: 网络整理| 查看: 265

R语言作图点滴积累，今天要记录ggplot2中散点图的做法。散点图算是数据展示中非常基础的一种方法了吧，一般用于展示两个变量之间的关系（比如线性相关）。按照惯例，我每次讲一个新的图都会用一个我实际使用的例子，先来说说今天做这个散点图的例子吧：

问题描述：我有两个变量，一个变量是蛋白相互作用网络中节点的度（degree），另一个变量是这些蛋白参与形成的复合物的个数；现在我想看看，一个蛋白参与形成的复合物个数（Number of complexes）是否跟它的度（degree）相关。上面描述的这个问题，就是一个很典型的可以通过散点图来展示的例子。先来个数据快照（显示前10个数据点）：

ProteinID No. complex Degree P1 188 125 P2 128 76 P3 119 102 p4 95 66 P5 95 110 P6 80 68 P7 66 61 P8 57 84 P9 46 40 P10 46 45 漂亮的散点图要一步一步来 1. 首先来个简单的散点图 #Import data > dat library(ggplot2) > p p

note:

geom_point()：是画散点图的函数，里面可以添加各种参数，用于设置散点图的形状、大小、颜色等，比如形状shape = 19, 表示的是较大的实心原点

xlab和ylab：两个函数分别设置x和y坐标轴的标题这个简单的散点图看起来是这样滴：

简单的散点图 2. 如果想要拟合一条直线呢 #Import data > dat library(ggplot2) > p p

ggplot2 提供一个函数自动添加拟合的曲线（包括直线），当然该函数底层肯定是做了拟合分析的，比如线性回归分析等。

geom_smooth()：这个函数就是为散点图添加一条平滑的曲线（包含直线），它有个参数method, 指定曲线平滑方法，可选"lm", "glm", "gam", "loess", "rlm"，这几个具体表示什么意思，大家动动手，自己谷歌之，默认会使用"loess"。

下面两个图分别是使用了"lm"和"loess":

拟合直线拟合曲线

给散点图加了直线，可是这个直线拟合得怎么样，以及拟合的直线的参数ggplot2并没有提供，为了图的信息更完整，我们应当考虑给这个拟合的直线加上公式，以及拟合的R2值。这样之后，我们从图上可以得到些什么信息呢？首先，我们可以很容易知道degree和complex数目是呈正相关关系的，通过拟合直线和公式可以知道两个变量的线性关系强弱；然后，然后就是一堆不知道是啥的黑点...

总感觉还是缺少些什么，仔细看看这个散点图，你会不会想知道图中degree很高且参与很多复合物的这几个蛋白是什么？这样的蛋白一定是生物细胞中十分重要的蛋白。所以呢，我们可以把最靠近右上角的前10个点给高亮出来，甚至给这些点表示label（基因名）。说干就干，看代码：

#Import data > dat formula =63”进行了分组，不同颜色表示；其次，发现这里少了一句代码，对了，就是geom_smooth(method=lm)，因为前面加了分组信息，geom_smooth会在不同组里分别拟合曲线，这并不是我们想要的，我们只是想高亮出一些点而已。所以，这里先不直接拟合了, 后面再手动拟合并添加直线； lm(complex ~ degree, data = dat)：这个是手动做线性回归分析 geom_abline()：根据上面回归分析，画拟合的直线，从上面的分析中提取出截距 coef(dat.lm)[1]和斜率 coef(dat.lm)[2])即可； geom_text()：这个函数给图中添加了拟合直线的公式和R2；这里我们提供了新的data，所以，要注意的是后面inherit.aes = FALSE这个设置很重要，表示我们不继承ggplot函数中使用的data，不然会报错。 annotate()：这个函数通过制定geom="text"，在图中指定的地方画上标签，可以提供坐标 theme(legend.position = "none")：去除legend，这里我做的时候也出现一个问题，去除legend的另一种方法是p + guides(fill = FALSE)，但是，我最新使用这个代码的时候，并没有起作用，不知道是不是我的Rstudio没有反应还是出现bug了，大家可以自己试试； theme(axis.title...)：这些都是对图中的文字进行美化一下，加大坐标轴标题的文字啊之类的。

最后的图是这个样子的：

最后的样子

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