最知名的存在人体胃肠内主要的益生菌，自1900年从人胃肠道分离后，已成为一种商业上重要的益生菌。它作为一种辅料添加到许多食品发酵过程而产生独特的味道，也可通过产生乳酸来保护产品，尤其它能与其它菌协同促进健康和协同防治疾病。它能通过分泌抗生物素类物质抑制肠道不良微生物的增殖，促进双歧乳杆菌等其他益生菌的生长，增加和增强肠内益生菌的数量和功能，达到调整肠道菌群平衡，以维持消化吸收良好、大便正常和肠道不易感染；食用含有它和双歧乳杆菌混合的乳食品可促进消化功能，特别是对胃肠功能失调的婴幼儿和一些长期口服抗菌素而引起胃肠功能失调的病人，因为这两种活菌发酵后，能抑制腐败菌的增殖，迅速恢复肠道内菌群平衡，发挥营养保健作用；它和双歧乳杆菌在肠道内发酵后，还可通过产生乳酸等，提高钙、磷、铁的利用率，促进铁和维生素D的吸收，产生维生素K及维生素B，减少胆固醇的吸收，并降低辐射对人体的伤害。因此，目前嗜酸乳杆菌已广泛用于保健和协同防治疾病，如降血脂、缓解便秘和腹泻、减少肠易激综合征等的胃肠道症状，预防阴道感染，缓解过敏症状和调节免疫反应等。