1622年，荷军东印度公司驻印尼雅加达总部命令科纳里斯·雷约兹率军舰17艘、侵略军1000余人，再度窜犯澎湖，在妈宫澳（马公湾）登陆，随后又在凤柜尾、金龟头、莳里、白沙、八罩诸岛建设城堡。同年7月，雷约兹率舰2艘到台湾西海岸，从安平入台江测量水道，为以后入侵台湾做准备。1626年。荷兰东印度公司又派马尔登·宋克率战舰“热兰遮”号窜达澎湖。明朝福建巡抚南居益派兵2000人攻打澎湖。先遣部队在白沙岛的镇海港登陆，攻打瓦硐港炮台，后越海进入澎湖岛，逼攻西卫附近的红木埕堡（今潮阳）。在中国军队的攻击下，荷军约1000人大部龟缩于妈宫澳，一部分固守凤柜尾城，企图顽抗。为全歼敌军，福建省巡抚大量增兵，于8月从红木埕、文澳、西卫向荷军发起总攻，打败荷兰侵略军，恢复澎湖。侵略军头目高文律等12人被活捉，其残兵败将仓皇逃往台湾南部。

荷军看到双方兵力悬殊很大，不得不求和。荷兰侵略者从澎湖败逃出来后，转到台湾。1624年10月25日抵达台湾西海岸，骗得当地居民的信任，经台江在安平地区登陆。明朝政府于收复澎湖后，为胜利所陶醉，没有派兵追击，结果使荷兰侵略军在台湾南部站稳了脚跟。1630年荷兰人在安平构筑台湾城（荷兰称热兰遮堡），1650年又在台南建设赤嵌城（荷兰称为普罗文查堡），企图长期盘踞。荷兰在台驻军最高达2800人。当时侵占中国台湾的还有另一个西方殖民者―西班牙。1596年，西班牙驻马尼拉总督曾向其国王建议，占领台湾，阻止日本南侵。1597年，西班牙驻马尼拉总督率舰2艘、兵200人，企图占领台湾，因遇逆风，未能得逞。1624年荷兰占领台湾南部后，西班牙的海上航行和贸易受到威胁。 同年7月，西班牙驻马尼拉总督命令率舰2艘赴台，8月17日又亲自率舰4艘驶台，企图与占领台湾的西班牙军队会合，独霸台湾，因中途遇到大风，不得不返回菲律宾。1628年7月，西班牙驻马尼拉总督又派军舰到台湾西北海岸的沪尾（今淡水），构筑淡水城（西班牙称为圣多明哥城）。1632年沿淡水河而上，进入台北平原和基隆。荷兰为排挤西班牙的在台势力，于1629年7月，由驻台总督派军舰攻打淡水港，遭到西班牙军队的抵抗而失败。

1641年8月，驻台荷军又派一支先遣部队300人北上，26日抵达基隆，侦察西班牙军队情况，并令西班牙献城投降，遭到西班牙驻台头目拒绝。因此，荷兰驻雅加达总督于1642年7月向台湾增派援兵，并任命哈劳节为总指挥，率舰5艘、帆船2艘、士兵690人，北上攻打西班牙军队。舰船于8月21日驶抵基隆港外，企图在和平岛北端登陆，但因遭到西班牙海防炮火的打击，战局对荷兰军队不利，故停止进攻，退到外海。8月22日晨，荷军又以5艘军舰迫近和平岛，由陆战队强行登陆。西班牙军队虽然组织抵抗，但寡不敌众，不得不放弃前哨阵地，退至山上堡垒。8月23日，荷军敢死队在炮火的掩护下，攻占城堡后，一方面以人力控制基隆城，一方面再次命令西军投降。西班牙驻台头目被迫于8月25日投降，并于9月1日全部撤出台湾。从此，台湾被荷兰殖民主义者独占。1661年3月，中国明末清初的民族英雄郑成功率兵25000人、战舰近500艘，从金门料罗湾出发，经澎湖直抵台湾西海岸,在台湾人民的支持下，经过九个月激战，击败荷兰殖民者,迫使荷兰侵略者挂起了白旗投降，被侵占了三十八年之久的台湾，终于回到了祖国的怀抱。

1871年12月，60多名琉球人乘船遭遇台风，漂流到台湾南部登陆，其中54人被台湾土著居民杀害，其它人被清政府送回国。日本以琉球漂流民在台湾被杀为借口，在美国驻厦门总领事、自称“台湾通”的李仙得的协助下，立即向清政府发难，乘机侵略台湾。1874年2月6日，日本政府通过《台湾番地处分要略》。4月组成所谓的“台湾生番探险队”3000人，由陆军中将西乡从道率舰队侵略台湾，并在琅峤登陆。5月18日，日军开始与台湾当地居民交战。牡丹社酋长阿实禄父子等战死。7月，日军以龟山为中心建立都督府。清政府得知日军侵犯台湾消息后，立即向日本政府提出质问，并派福建船政大臣沈葆桢率军直赴台湾。沈葆桢等到达台湾后，一面与日军交涉，一面积极备战。日军由于不服台湾水土，士兵病死较多。日本政府考虑到不能立即军事占领台湾，于是转而用外交手段解决问题。经过一番外交斗争后，清政府与日本政府于10月31日签订《北京专条》，清政府付给“日本国从前被害难民之家”抚恤银10万两和日军在台“修道建房等”40万两。12月20日，日军从台湾全部撤走。日本第一次对外侵略扩张首选的目标即为中国台湾，给清政府敲响了警钟，同时也暴露了日本霸占台湾的野心。

1879年，日本武力吞并了琉球，设冲绳县。台湾的安全再次受到威胁。1885年10月，清政府下诏在台湾建省，成为中国第20个行省。1874年4月27日，日本借口琉球“牡丹社事件，悍然出兵台湾。日本基本占领整个台湾岛。台湾岛的位置则与海南岛不同。从南海向北航行，必须经过台湾海峡，海峡的战略地位不言而喻。而北部湾或琼州海峡则未必。当然，这是站在重视海权的立场上所看到的，作为重视陆权的传统帝国，是没有多少海权观念的。明清交际时，郑氏收复台湾，除了要驱赶殖民者，也是战略上的转进。而清朝收降郑氏后人，主要也是为了政治上的统一，对于台湾岛的开发则是相当迟缓。从地理上看，中国最南部的开放口岸应该是广州。自马六甲海峡向东北航行到广州，这一航路并不经过海南岛，海南岛的位置大概在此线路更西面的位置上。

荷兰人曾被誉为“海上马车夫”，资本主义早期的西方列强殖民海外主要还是因为贸易而兴起。这需要殖民地至少具备以下四个特点中的一个：一是有丰富的原材料；二是有广阔的市场；三是有大量劳动力；四是以上三种可能都不具备，但是它距离上述三个中的某一个或某几个地方很近，适合做贸易中转及补给。个人觉得台湾便具备第四点，它处于东南亚、中国的江南和日本的中间，作为贸易的中转站具有天然的优势。而反观海南，在当时情况下，不具备前三项特质，第四项也不具备。具体原因一是其靠近的广西和越南均不是商业繁华之地，二是广东虽然商业较发达，但附近有香港和澳门可以作为更好的中转站。因此，在早期资本主义海外殖民时期，海南缺乏吸引力。台湾成为西方列强重点盯上的原因就是其周边的地缘环境远远优于海南。

从1557年到1842年，澳门对来华西人十分重要。广州虽为通商口岸，但并不允许西人长期居留。一年之内，西人可到广州经商的时日有限，其余时间必须返回澳门。这种情况到鸦片战争之后才有所改变。二战期间，受惠于葡国中立，澳门成为东亚唯一的中立港口。另外，水文条件对于一个港口的发展也是很重要的。葡人选定澳门，英人选定香港，荷兰人选定台南，此三地泊船补给条件相比海南岛更具优势。