天下泰平の江戸時代。 人々の平和な暮らしの裏側に、限られた者しか存在を知らない特殊部隊があった。その名も【邪魚隊】。 鱗蔵（佐藤流司）、スルメ（橋本祥平）、鮒右衛門（小柳 心）、比売知（廣瀬智紀）からなる邪魚隊は全員が死刑囚。 死刑免除の引き換えに、死と隣り合わせの危険な闇仕事を任される隠密部隊だ。

今回、邪魚隊に下された任務は、謎の集団・お太鼓教への潜入捜査。昨今、江戸の町では人が突然消える事件が続出。 それらは人喰い鬼の仕業と恐れられ、一方でお太鼓教の教祖・安食満親（石井一彰）は鬼から人を守る救いの神として崇められていた。 しかし、将軍・徳川吉宗（永井大）ら幕府はお太鼓教と鬼の関係に疑問を抱き、鱗蔵らのスリのスキルを駆使して教団からある物を盗み出すミッションを命じる。 御典医・蓼丸玄庵（輝馬）によると、その「ある物」が、鬼退治に役立つという。

一方、そんな邪魚隊の前に一人の青年が現れる。 彼の名は、水野平馬（阿久津仁愛）。 生き別れの姉を探す旅を続けていた平馬だが、お太鼓教の歌姫・音御前（高田夏帆）こそが姉であると確信。 真実を知るために、鱗蔵たちとともにお太鼓教に忍び込む。

だが、姉を救いたい平馬の行動が生んだアクシデントにより、鱗蔵たちは安食の側近・多々良（玉城裕規）に捕えられてしまう。 さらに、目の前に現れた安食によって、鱗蔵の封印していた過去が甦る。

はたして邪魚隊はお太鼓教の陰謀から江戸の町を救えるのか。人喰い鬼とならず者たちの妖美にして痛快な戦いが今始まる。