科研小技巧

2023-06-21 07:15| 来源: 网络整理| 查看: 265

今天给大家分享一个实用技巧，RT，绘制标注外显子、内含子位置及大小、距离的基因结构图，从而更好地展示你的测序数据的结果，帮助完成下游实验的可视化。

1. 利用Ensembl辅助绘图

作为NCBI同等级对手EBI，其维护的Ensembl提供了比NCBI更便捷的外显子定位功能，而且查看界面非常友好，同时与NCBI转录本有非常完善的对应。

下面我以DPP10这个基因作为举例，

首先打开Ensembl的官网：http://asia.ensembl.org/index.html 20201230日更新，最近发现上面给的ensembl的网址进不去，刷新了好久，发现了几个其他可用的Mirrors， ensembl mirrors

Ensembl genome browser 102

点进去的页面是酱紫的~

Ensembl主页然后在"Search"那边选择"Human", 键入要检索的基因"DPP10"，出来的页面时以下： DPP10 这时候如果特别需求一般都选择第一个结果就可以了， DPP10检索结果这个图可以往下拉，下面时一个类似UCSC Genome Browser的信息图，左边的目标栏也有很多信息，大家如果有兴趣的话可以自己探索一下~ 然后点击一下“Show transcript table”,就出现了 DPP10第一个检索结果接下来就是选择转录本进行具体exon和intron分布的查看，一般都是以最长转录本原则进行查看，这边演示选择800aa的那个转录本，直接点击Transcript ID就可以,这个时候页面会变成下面这个样子：

然后点击About this transcript中带有下划线的26exons，页面会变成这样：

Exon与Intron分布信息 Ensembl已经帮用户把外显子序号标好了，并且给出了每个外显子以及内含子的序列区间，非常详细，你所需要做的事就是找到自己想要研究的外显子/内含子对应的坐标及序列。

但是这些还不够，虽然已经能清楚指示你的mutation或者insertion是发生在具体某个基因的某个exon/intron，但是，在绘制基因结构图时，你还要丈量每个exon之间的距离，及每个exon的大小，这个结果还不够清晰明了，因此接下来你需要第二步。

2. 利用NCBI Splign明确Exon/Intron的位置关系和具体序列

NCBI的Splign工具通过https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sutils/splign/splign.cgi 这个网址就可以进入，

NCBI Splign 这时候选择横条选择框当中的Online进行在线运行， Splign主页同时打开NCBI GeneBank数据库，搜索DPP10这个基因， DPP10 NCBI 这时候直接选择右边Table of contents中的NCBI Reference Sequences (RefSeq)，按照一下方式选择cDNA和Genomic的Accession号，注意！不要要小数点和小数点后的数字。对不起我太懒了你们将就看吧然后出来的运行结果是酱紫的~ Splign结果如果你偷懒的话，这个出来的结果图可以直接截到你的PPT当中用啦。Segments下的数字表示的就是第几个exon的意思，点击数据相应的上面两个mRNA和Genomic的图的圈出来的区域也会换~

因此结合这两个小工具就可以清晰地绘制你的mutation/Insertion发生地基因结构图啦~ 这个笔记也是整理一下以防自己以后不记得备用，回去做PPT准备汇报啦~~ 科科

———————————————————————————————————— 20220504更新：突然发现两个更简单好用的基因结构绘制方法：

IGV直接导出，这个缺点是不可编辑，但是外显子、内含子和转录方向都标记好了，按照这个模板自己画就好； NCBI的GeneBank，原来Genome的graphic那里就有。。。哭唧唧 References:

[1] https://liucheng.name/347/ [2] https://cloud.tencent.com/developer/news/277555

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