鸦片战争后，沙俄开始不断蚕食我国西部领土。1851年，逼迫伊犁将军奕山签订了《中俄伊犁塔尔巴哈台通商章程》，获得了在伊犁设立领事、通商免税和领事裁判权等特权。1860年和1864年，沙俄利用军事和外交恫吓手段强迫清政府签订了《中俄北京条约》和《中俄勘分西北界约记》，割占了巴尔喀什湖以东以南的我国西部领土44万平方公里。同年，在陕甘回民起义的影响下，伊犁维吾尔族、回族等进行了农民起义，建立了伊犁苏丹封建割据政权。

伊犁湟渠（又名林公渠）

1871年，沙俄借口伊犁农民起义威胁俄国安全，打着代收代管的旗号，乘机入侵伊犁，强占伊犁达10年之久，并进行了殖民统治。1875年，陕甘总督左宗棠以钦差大臣督办新疆军务，率湘军等收复新疆。1881年，清朝使臣曾纪泽经过与沙俄艰苦的谈判，签订了《中俄改订伊犁条约》，俄国同意交还伊犁，但霍尔果斯河以西的大片领土又被沙俄割占。1882年，伊犁将军金顺率清军接收伊犁，伊犁带着无法弥补的残缺终于回到了祖国的怀抱。

1884年10月，清朝政府正式批准新疆建省。首先，对伊犁将军军政制度作了重大改革，取消军府制和伯克制，代之以兵备道和府、州、县制，新疆的政治中心由伊犁移至迪化（今乌鲁木齐市）。伊犁将军虽然保留，但改称“伊犁驻防将军”，其权力和管理范围大大缩小，不再总统全疆军政事务之责，仅负责伊犁、塔城两地的军事和防务，与新疆巡抚不相统属。1888年，新疆省伊犁、塔城设伊塔道。伊塔道，全称为分巡伊塔兵备道，是清代新疆省下设的一道，道员驻宁远县（在今伊犁州伊宁市），并设同知衙门与伊塔道共同治理伊犁。伊塔道下设伊犁府、塔城直隶厅和精河直隶厅，军政、民政分治。伊犁府下设宁远、绥定县。同时，伊犁将军驻驻惠远城，专辖伊塔边防及驻防营兵，兼管伊塔道。至此，伊犁地区已设道、府、县等级行政机构，与内地的行政建置趋于一致。

1912年1月，在辛亥革命武昌首义成功的鼓舞下，以杨缵绪、冯特民、李辅黄等为首的伊犁革命党人在惠远城发动起义。

1912年1月7日，以伊犁陆军协统杨缵绪为首的革命党人发动起义，迅速击溃驻防清军，占领将军府所在地——惠远城，处决了刚到任的伊犁将军志锐，组织汉、满、蒙、回、藏“五族共进会”，电告南京民国政府，成立中华民国军政府新伊大都督府，前任伊犁将军广福出任伊犁临时政府都督。这是新疆近代史上的重大历史事件，它使保皇党拥宣统皇帝西迁的梦想彻底破灭，加速了清王朝封建统治的垮台。

接着派出革命军继续东征，在精河击败反对革命的清军，致使新伊对峙。1912年2月12日，中华民国中央临时政府在北京成立，3月15日，北京政府电令新疆巡抚袁大化结束了清朝在新疆的专制统治，新疆巡抚改为都督，双方停战议和，4月25日，袁大化被迫宣布辞职。5月18日，杨增新凭借其精明与实力，被双方推为都督，继续主持和平谈判。7月8日，新伊大都督府与新疆都督杨增新签署了议和条款，改伊犁新伊大都督府为伊犁镇边使署，其“职权仍循伊犁将军之旧”，伊犁镇边使广福军政大权集于一身，由中央政府节制。虽然双方确认了民主共和，但由杨增新主持新疆军政，承认杨增新为全疆最高军政长官——新疆都督兼民政长，为新疆军政首脑。

1912年8月，民国政府调整建置，驻惠远的伊犁镇边使，塔城改设参赞，阿尔泰改设办事长官，均直属中央，并保留伊塔道建置，管理当地民政，受制伊犁镇边使。

1914年2月1日，广福病故，镇边使出缺。新疆都督杨增新乘机呈请北京北洋政府改伊犁镇边使为镇守使，由杨飞霞出任，划归新疆管辖。

1916年，塔城参赞撤销改为道尹，伊塔道分析置为伊犁、塔城两道。1919年，北京北洋政府把阿尔泰办事长官划归新疆省，改设阿山道。这样，原来在行政区划或某些管辖权限不尽属于新疆省当局的阿尔泰、伊犁、塔城三个地方，都统一在新疆省政府的管辖之下了。伊、塔、阿隶属的变化，对新疆边防的管理和加强是有利的。

1917年，俄国十月革命爆发，引发内战。俄国白军向东逃窜，被红军追击。杨增新决定严守中立，驱逐入界的俄国白军残部，使新疆不受到俄国内战的侵扰。苏联新政府成立后，杨增新与苏联订立通商条款，开放边境贸易，维持双方友好，并要求英国于俄国商人依法纳税。杨增新的外交策略成功，使得新疆暂时免于英、俄的干涉。

1924年，民国内务部通令裁撤各道，以省领县，新疆相继经过设县佐、设治局、设县，各营屯务又归县政。1928年，新疆划分行政督察区，改伊犁道为伊犁行政区，设行政长公署，辖伊宁、绥定、霍尔果斯、巩留、精河、博乐6 县。1933年再改伊犁镇守使为屯垦使，伊犁行政长兼屯垦使。1938年1月14日，伊犁屯垦使邱宗浚根据盛世才电示发布命令，撤销锡伯营、索伦营、厄鲁特营和察哈尔营，分别成立河南、昭苏、巩哈、温泉设治局。稍后，又成立新源设治局。以上各设治局，后均升格为县。

1938年3月，根据新疆督办盛世才的指令，伊犁屯垦使奉命裁撤，伊犁的哈萨克牧民事务由伊犁警备司令部暂行代管。1939年8月，伊犁行政长兼伊犁警备司令姚雄发布1663号政令，宣布废除千百户长制，将各千户长改设为区长，百户长改设为庄长。至此，哈萨克牧民事务完全纳入地方政府管理，融入民户之中。

1943年，国民政府行政院通知将行政区改为行政督察专区，设行政督察专员公署，行政长改专员，伊犁行政区该为伊犁专区，辖伊宁、绥定、霍尔果斯、巩留、特克斯、巩哈、宁西、精河、博乐、温泉、昭苏等11个县和新源设治局。

1944年11月7日凌晨（这天也是苏联十月革命纪念日），在苏联方面直接组织策划和帮助下，在伊宁爆发了伊犁各族人民发动了反对国民党反动统治的民族民主革命，在苏联军事顾问、苏联军队及苏联的物资、军事技术帮助下，到1945 年9月，一直扩大和控制了与苏联毗邻的塔城专区、阿山专区（现为阿勒泰地区），从而形成了"三区政府"或"三区政权"。因为它发生伊犁、塔城、阿勒泰（原为阿山）三个专区，故称新疆“三区革命”。

1945年10月12日，三区代表赖希木江·沙比尔、阿合买提江·哈斯木、阿不都海依尔·吐烈到迪化同国民党代表举行谈判。经过激烈争论，到1946年6月，全面签订了11项和平条款和两个附件，并根据条款规定，改组省政府。

1946年6月27日，三区政府委员会324号决议将改组为新疆省伊犁专员公署，塔城、阿山专署自6月28日起由新组织的省政府酌情合理调整。“三区政权”前后共存在了1年零8个月，“三区政权”重新回归到中国新疆省的一个区域性地方政权，于7月1日在迪化成立了联合省政府，颁了新的施政纲领。

1947年5月21日，民国政府任命麦斯武德接替张治中为新疆省政府委员兼主席。消息一经公布，三区方面当即表示强烈反对。

1947年8月12日，新疆联合省政府破裂，阿合买提江离开迪化回伊宁，不久，三区其他委员也陆续回到伊宁，联合省政府破裂。三区代表集体返回伊犁，在迪化支持三区的群众与支持国民党的群众也屡屡发生冲突。双方关系再度激化，又恢复了三区政府和国民党省政府对立的局面。

阿合买提江·哈斯木

可见，三区革命是新疆现代史上的重大事件，它沉重地打击了国民党反动派在新疆的统治，牵制了国民党大批军队，配合了西北战场解放斗争的胜利，尤其为新疆和平解放作出了重要贡献。

1949年初，当中国共产党领导的人民革命已取得决定性胜利的时候，苏联为保证其在华利益，再次调整对新疆的政策，建议新盟友中共迅速占领新疆，并在新疆和平解放的进程中发挥了重要作用。其结果是，斯大林在与新中国的对话中，依然保留了对新疆问题的发言权。

1949年9月26日,新疆当局正式通电起义，新疆和平解放。1949年10月1日，中华人民共和国成立，伊犁各族人民同全国人民一道进入了新中国。

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