有些大学医学院只是二级学院，如武汉科技大学医学院，与武汉科技大学其他二级学院平级。

有些大学医学院是级别高于本校二级学院的机构（部门），被授权管理本校医学类相关二级学院，如上海交通大学医学院管理的院系有基础医学院、公共卫生学院、护理学院、上海-渥太华联合医学院、儿科学院、继续教育学院、中法联合医学院、全球健康学院、瑞金临床医学院、仁济临床医学院、新华临床医学院、九院临床医学院、口腔医学院、一院临床医学院、六院临床医学院、儿中心临床医学院、检验系、营养系、医学影像系、妇产科学系、麻醉与危重病学系、精神卫生系、耳鼻咽喉科学系、病理学系、药学系以及相关各类研究机构/科研平台。

北京大学医学部、西安交通大学医学部（原西安交通大学医学院）、上海交通大学医学院、南昌大学江西医学院（校内保留南昌大学医学部名称）、苏州大学苏州医学院（原苏州大学医学部）、复旦大学上海医学院、四川大学华西医学中心、吉林大学白求恩医学部等等都属于“医学部”性质。湖北科技学院原有基础医学院、临床医学院、五官医学院、护理学院、药学院、生物医学工程学院、医药研究院等医学类相关机构，2021年8月18日成立了湖北科技学院医学部。

“医学部”一般规模相对二级学院的“医学院”大很多，设置“医学部”是各所学校遵循高等医学教育特殊规律、结合本校实际作出的决定，解决了医学教育存在的很多实际问题，是医学教育体制机制的创新之举。