研究人员从代表了不同的发育时间和组织位置的17个单独的胚胎中收集了77个肠道样本绘制成单细胞图谱 （Figures 1 A和1B），数据集范围从8到22 PCW，跨越隐窝形成之前的时间点，直至成人状绒毛/隐窝形态的发展（FiguresS1A）。使用寡核苷酸标记抗体，产生了76,592个细胞 (Figures 1A 和 S1B–S1I; STAR methods)。

聚类分析将这些细胞分为9个肠道小室，以转录特征分别标注-上皮细胞，成纤维细胞，内皮细胞（EC），周细胞，神经（ENS），肌瘤，间皮，肌成纤维细胞和免疫(Figures 1C 和 1D)，且具有明显的区位和发育时间差异(Figures 1E 和 1F)。基于关键标记基因进行的精细聚类注释进一步确定了区室中的101个亚群，并利用基于图的划分抽象方法描述了它们之间的关系(Figure 1G; Table S1;STAR methods)。接下来，对转录因子(TF)调控网络进行映射，以突出每种细胞类型的关键调控网络，并重建细胞命运的“决策树”(Figure S2A; STAR methods)。鉴定出了464个TF模块(如上皮细胞发育中的ARID3A（FDR