这样的题是不是很明显很直观又觉得“高大上”呢？其实这样的图一点都不难做，只要按照以下步骤，就可以得到这样的图了。

Admixture使用步骤：

1.输入文件

Admixture的输入文件格式有以下三种：PLINK(.bed)，PLINK(.ped)或者EIGENSTRAT(.geno)，最常用的就是Plink产生的（.bed）文件了。

采用PLINK 进行群体结构分析。首先创建PLINK 的输文件-Ped 文件，然后利用Admixture软件构建群体遗传结构和群体世系信息。

PLINK（http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/）。

首先，我们将已经有的vcf文件处理成Plink可以分析的格式，这一步需要用到vcftools(linux系统下可以很容易地下载安装），代码如下：

这一步的输出结果为：plink.ped和plink.map，ped文件和map文件在后续处理中缺一不可。

2.过滤SNP文件

使用上一步产生的.ped和.map文件，用Plink进行SNP过滤,代码如下：

输出为：QC.bed(binary file,genotype information)、QC.fam(first six columns of plink.bed)、QC.bim(extended MAP file:two extra cols=allelenames)，该步就得到了Admixture可以输入的bed文件来进行群体结构分析和作图。

K是样本所包含的亚群或者祖先数，如若不知道理想的K值，可以设定K=1,2,3,4,5，用admixture进行计算：

3.提取CV值

提取CV值后，可以得到上一步得到的不同K值的错误率，一般认为CV error最小值为最佳K值。

如果觉得数字不是很明显，也可以通过绘制直线图直观进行K值的选择，如下图所示，K=3时，Cross-validation error值最小。

4.使用R画图

最后一步！就是拿着我们的数据来做图了。一般该步使用R来进行图片绘制，R是一款强大的绘图计算程序，在Linux系统和Windows系统下都能使用，代码很简单，只需要如下几行：

至此，群体结构分析的图就得到啦！可以根据自己文章的需要对图片进行润色，在文章中加入这样的图，相信会为文章增色不少。

参考：admixture-manual

赞赏作者码

文献阅读技巧，请点击：批判性阅读文献

综述撰写技巧：

论著撰写流程：论著撰写的大致流程与心得——“当稻农”

SCI投稿注意事项：这场恋爱认真谈——SCI投稿注意事项

Cover letter撰写方法：这场恋爱认真谈——SCI投稿注意事项

SCI修回如何回答审稿人提问：文章修回，如何回答审稿人提问. 附模板

SCI英文写作辅助工具：SCI及日常英文写作利器——Grammarly

SCI被拒稿后怎么办：SCI论文被拒后，后续调整“四步走”

SCI审稿状态：SCI投稿过程中主要有哪些状态，持续时间大概多久？

SCI投稿类型：生物医学类SCI可投稿的六大文章类型

图片处理工具：Image J一款强大的科研图片处理软件

简单的科研作图工具：返回搜狐，查看更多