蛋白序列亚细胞定位 WoLF PSORT |
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蛋白在原生质体中合成,而新合成的蛋白必须要运输到细胞的特定位置才会发挥其作用。蛋白的亚细胞定位注释信息可以为科研工作者们对蛋白的功能分析,蛋白互作等提供参考与支持。研究未知蛋白生物学功能的第一步通常便是获得其亚细胞定位信息,亚细胞定位在细胞分子生物学,蛋白质组学,系统生物学,药物开发,药物化学等领域研究中具有十分重要的作用。 蛋白分布在细胞中的各个位置,其中蛋白丰度高,种类丰富的研究比较深入。定位注释结果准确的区域有细胞核,原生质体,线粒体,内质网等,植物还有叶绿体和液泡。而对于定位在细胞膜,分泌蛋白或者定位在多个区域的蛋白来说,其亚细胞定位预测信息一般准确性较低。 蛋白亚细胞定位主要有两种方法,第一种是结果准确但费时费力的实验验证方法,如荧光蛋白标记与Western/SDS-PAGE等;第二种方法是通过生物信息学手段,借助计算机对蛋白的亚细胞定位信息进行预测,这种方法可以在短时间获得大量蛋白的预测信息,而我们今天介绍的是便是第二种方法。目前常用的亚细胞定位分析软件主要采用三种分析策略:N端排序或信号分子序列分析;氨基酸序列组成分析;结合多种策略(N端信号序列,氨基酸序列组成,功能域,相似度,GO分类)的分析。 常用分析软件 今天向大家推荐六款亚细胞定位注释的常用分析软件,并以WoLF PSORT为例介绍其网页操作步骤。 六种常用亚细胞定位注释分析网站: Ilco:http://www.jci-bioinfo.cn Cell-PLoc: http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/Cell-PLoc/ CELLO :http://cello.life.nctu.edu.tw/ WoLF PSORT:https://www.genscript.com/wolf-psort.html SherLoc2:http://abi.inf.uni-tuebingen.de/Services/SherLoc2 Predotar:http://urgi.versailles.inra.fr/predotar/predotar.html WoLF PSORT蛋白亚细胞定位教程如下:1. 输入WoLF PSORT的网址: https://wolfpsort.hgc.jp/ 见下图: 2. 选择蛋白序列的种类:动物、植物或真菌;然后输入蛋白序列或文件(注:序列或文件大小不能超200Kb,如果序列很多,可分批进行)。检索结果见下图: 以上结果中该如何解读呢?我们只需看“details”后面紧接着的那个亚细胞就可以了,如第一条蛋白test,应该是定位在nucl(细胞核)上。具体的亚细胞缩写参照下图。 extracellular, including cell wall endoplasmic reticulum cytoplasmic nuclear plasma membrane mitochondrial vesicles of secretory system vacuolar 参考文献: Xiong, E., Zheng, C., Wu, X., & Wang, W. (2015). Protein Subcellular Location: The Gap Between Prediction and Experimentation. Plant Molecular Biology Reporter, 34(1), 1-10. 更多生物信息课程:https://study.omicsclass.com/index延伸阅读: 获取MOTIF 位置信息矢量图 | 做韦恩图?自己搞定!| Mapman植物代谢通路注释图 |MeV画漂亮的热图 | 绘制基因染色体位置图| 分分钟教你绘制基因结构图 | 轻松搞定Krona图 | 进化树+基因结构+motif—1张图全显示| 基因组间共线性图 | 多方法、多版本的微生物网络图绘制课程 | 热图竟然还能用Excel来画 | Cytoscape-网络图绘图技巧 | 怎么做一张好看的分类学树状图 | |
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