土壤资源。云南因气候、生物、地质、地形等相互作用，形成了多种多样土壤类型，土壤垂直分布特点明显。经初步划分，全省有16个土壤类型，占到全国的1/4。其中，红壤面积占全省土地面积的50%，是省内分布最广、最重要的土壤资源，故云南有“红土高原”、“红土地”之称。云南稻田土壤细分有50多种，其中，大的类型有10多种。成土母质多为冲积物和湖积物，部分为红壤性和紫色性水稻土。大部分土壤呈中性和微酸性，有机质在1.5%～3.0%，氮磷养分含量比旱地高。山区旱地土壤约占全省的64%，主要为红土和黄土。坝区旱地土壤约占17%，主要为红土。旱地土壤分布比较分散，施肥水平不高，加之水土流失，土壤有机质普遍较水田低。根据第三次全国国土调查，云南耕地面积539.55万公顷、园地面积257.22万公顷、林地面积2496.90万公顷、草地面积132.29万公顷、湿地面积3.98万公顷。

植物资源。云南是全国植物种类最多的省份，被誉为“植物王国”。热带、亚热带、温带、寒温带等植物类型都有分布，古老的、衍生的、外来的植物种类和类群很多。云南有高等植物19333种，占全国的50.1%，分别列入国家一、二、三级重点保护和发展的树种有150多种。云南森林面积为2392.65万公顷，居全国第3位，森林覆盖率为65.04%，森林蓄积量20.67亿立方米。全省共有自然保护区166个，其中，国家级21个、省级38个、州市级56个、区县级51个，总面积287.08万公顷，占全省国土总面积的7.3%。云南树种繁多，类型多样，优良、速生、珍贵树种多，药用植物、香料植物、观赏植物等品种在全省范围内均有分布，故云南还有“药物宝库”、“香料之乡”、“天然花园”之称。

动物资源。云南动物种类数为全国之冠，素有“动物王国”之称。脊椎动物达2273种，占全国的51.4%。其中，鸟类793种，占63.7%；兽类300种，占51.1%；鱼类366种，占45.7%；爬行类143种，占37.6%；两栖类102种，占46.4%。全国见于名录的2.5万种昆虫类中云南有1万余种。云南珍稀保护动物较多，许多动物在国内仅分布在云南。蜂猴、滇金丝猴、野象、野牛、长臂猿、印支虎、犀鸟、白尾梢虹雉等46种均属国家一类保护动物；熊猴、猕猴、灰叶猴、穿山甲、麝、小熊猫、绿孔雀、蟒蛇等154种均属于国家二类保护动物；此外，还有大量小型珍稀动物种类。

矿产资源。云南地质现象种类繁多，成矿条件优越，矿产资源极为丰富，尤以有色金属及磷矿著称，被誉为“有色金属王国”，是得天独厚的矿产资源宝地。云南矿产资源特点：一是矿种全，已发现的矿产有157种，已探明储量的有85种；二是分布广，金属矿遍及108个县（市），煤矿在116个县（市）发现，其他非金属矿产各县都有；三是共生、伴生矿多，利用价值高，全省共生、伴生矿床约占矿床总量的31%。全省有82种（含亚矿种、矿物）矿产查明资源储量排在全国前10位，其中，铅、锌、锡、磷、铜、银等31种矿产含量居全国前3位。

能源资源。云南能源资源得天独厚，尤以水能、煤炭资源储量较大，开发条件优越；地热能、太阳能、风能、生物能有较好的开发前景。云南河流众多，全省水资源总量2210亿立方米（多年平均值），居全国第3位；水能资源蕴藏量达1.04亿千瓦，居全国第3位，水能资源主要集中于滇西北的金沙江、澜沧江、怒江三大水系；可开发装机容量0.9亿千瓦，居全国第2位。煤炭资源主要分布在滇东北，全省煤炭资源量为363.85亿吨（其中：探明资源量102.76亿吨，控制资源量131.64亿吨，推断资源量129.45亿吨），居全国第7位，煤种较齐全，烟煤、无烟煤、褐煤都有。地热资源以滇西腾冲地区的分布最为集中，全省有露出地面的天然温热泉约700处，居全国之冠，年出水量3.6亿立方米，水温最低的为25℃，高的在100℃以上（腾冲市的温热泉，水温多在60℃以上，高者达105℃）。太阳能资源较丰富，仅次于西藏、青海、内蒙等省区，全省年日照时数在1000～2800小时之间，年太阳总辐射量每平方厘米在90～150千卡之间。省内多数地区的日照时数为2100～2300小时，年太阳总辐射量每平方厘米为120～130千卡。