云南白药临床报导的副作用比较少，极少数患者服药后导致过敏性药疹的出现，出现全身皮痒，躯干以及四肢等部位出现荨麻疹，出现胸闷、心慌、腹痛、恶心、呕吐的症状。如果症状严重，应立即停药，并进行对症治疗。如果是外用药物时引起，需先把药物清除，再做处理。

云南白药胶囊孕妇要禁用，过敏体质者要慎用，对云南白药过敏的要禁止使用。注意用药期间要忌食蚕豆、鱼类以及酸冷的食物。要按照用法用量使用，临床上如果确实需要使用大剂量的给药，一定要在医师的安全监控下应用，如果用作外用，使用之前必须对创面进行清洁。