无菌和灭菌性的一次性口罩，最大的区别就是用途，灭菌口罩是严格按照工序制作，并进行灭菌处理，因此灭菌口罩主要还是用于医护人员。而无菌口罩的使用范围要更加广泛一些，其中普通老百姓都可以使用这种无菌的口罩。

其次，它们的防护效果也是有区别，虽然无菌口罩和灭菌口罩都可以防护一部分的细菌和颗粒物，但是灭菌口罩的功效会更好一些。因为灭菌口罩可以阻隔一部分空气中的血液、体液以以及分泌物等飞溅液体，因此灭菌口罩相对来说，防护效果要更好一些。还有两者之间存在价格的区别，无菌口罩的价格要比灭菌口罩的价格略低一些。