流行性乙型脑炎潜伏期为4～21天，一般为10～14天，大多数患者没有症状或者是症状比较轻微，少数患者出现中枢神经系统症状。

起病的1~3天，起病急，体温39～40℃，伴有头疼、精神倦怠、食欲差、恶心、呕吐、嗜睡。此期很容易误认为上呼吸道感染，发热高低与病情轻重以及神经系统表现平行。

病程的第4~10天，除初期症状加重外，突出表现为脑实质受损(脑炎、脑水肿)症状。高热，体温高达40℃，一般持续7～10天，重型者可达3周以上，发热越高，热程越长，病情越重。意识障碍表现为嗜睡、谵妄、昏迷、定向力障碍等。神志不清最早发生于病程第1～2天，多发生于第3～8天，通常持续一周左右，重型者可长达一个月以上。惊厥和抽搐发生率约40%～60%，是病情严重的表现，主要是高热、脑实质炎症、脑水肿所致，轻者可表现为短暂的手、足或面部抽搐，严重者多为肢体以至全身的抽搐。呼吸衰竭主要为中枢性呼吸衰竭，多见于重型患者，由于脑实质炎症，尤其延脑呼吸中枢病变、缺氧、脑水肿、颅内高压脑疝和低血压脑病等所致，表现为呼吸节律不规则，如呼吸表浅、双吸气、叹息样呼吸、潮式呼吸等，最后呼吸停止。脑疝患者除呼吸异常外，还有其他的临床表现，常见的脑疝有颞叶疝和枕骨大孔疝，也可外周性呼吸衰竭，由于脊髓病变导致呼吸肌麻痹，或者是因呼吸道痰阻，并发肺部感染所致，表现为呼吸先快后慢、胸式或腹式呼吸减弱、呼吸节律整齐。高热、抽搐和呼吸衰竭是乙脑极期的严重表现，三者互相影响，呼吸衰竭为引起死亡的主要原因。

体温逐渐下降，精神神经症状逐日好转，一般在2周左右可完全恢复，个别重症病人有神志迟钝、痴呆、失语、多汗、流涎、吞咽困难、四肢强直性瘫痪等症状，但经过积极的治疗后，大多数病人可以在6个月内恢复。

上述精神神经症状6个月仍未恢复，则称为后遗症，发生率为5%～20%，有的持续终生。

多在病程的10天内出现，第二周后就很少出现新的神经系统症状。常有浅反射消失或减弱，深反射先亢进，后消失，病理征阳性，可出现脑膜刺激征。

比较少见，常与呼吸衰竭同时出现，表现为血压下降、脉搏细速、休克和胃肠道出血。产生的原因多为心功能不全、有效循环血量减少、消化道失血、脑水肿和脑疝等。

多见于重型患者，咳嗽、吞咽反射减弱或者消失，呼吸道分泌物不容易咳出，容易导致支气管肺炎。

不注意口腔卫生以及口腔护理的患者容易发生口腔溃疡。

较长时间卧床的患者如果不注意经常换位置，容易在枕部和腰底部发生压疮。

重型病人还应该警惕应激性溃疡导致的上消化道出血。