太平天国与义和团运动，同为近代农民战争之典范，在其发生发展过程中，两者有许多相似之处，如都是以农民为主体，都是以宗教迷信来组织发动的，都承担了反帝反封建的历史使命。

从性质上看，太平天国是典型的旧式农民战争，它以反清即反封建为主，主观上不主动反对西方列强；义和团运动则以“灭洋”即反帝为主，主观上不反封建，是一场自发的以农民为主体的反帝爱国运动，是一场正义的民族战争。就其根本性质而言，义和团运动已不再是纯粹意义上的旧式农民战争，尽管它还带着许多旧式农民战争的痕迹。换而言之，主观上不反封建，是义和团运动与太平天国以及历次旧式农民战争相比最本质的不同。

从宗教上看，太平天国与义和团运动，都未能跳出以宗教迷信形式来组织发动群众的旧框框，但二者在宗教的具体形式、内容尤其是宗教信仰上明显不同：太平天国的宗教信仰是一元化、中西合璧式中西合璧—它是中西宗教的杂交体，具有相应的优势和较强的感召力，因而成为太平天国主导思想的基柱，贯穿这场农民战争的始终。宗教信仰的一元化：太平天国教义《十款天条》中明确规定：上至天王下至普通教众都只信奉一个神；而义和团则呈现出多元化、本土性。 与太平天国形成鲜明对照的是，义和团的宗教形式是土生土长的，具有十分浓郁的东方神秘主义色彩。

从组织上看，太平天国是洪秀全等人酝酿已久、精心策划、周密组织的农民战争，其组织上的严密性、系统性，实为历代农民战争之最；而义和团运动纯系自发的反帝爱国运动，组织上的松散性是其最主要的特征之一。太平天国组织上的严密性、系统性，从其军队的建制建设上可略见一斑。太平军作为一支农军，其高度的组织性及组织程度之系统性、严密性，是历代农军所无法比拟的。各地义和团是自成体系，互不统属，各自为战，自始至终没有形成统一的领导机构，也没有形成统一的队伍。这种组织上的松散性是义和团的最主要特点之一。它表明了义和团运动的自发性，反映了小生产者的分散性，极大的制约了义和团整体“合力”地发挥。

从成员来看，太平军与义和团的主要群众基础虽然都以贫苦农民为主，但在成员构成上明显不同：太平军自上而下几乎是清一色的拜上帝教众，比较整齐划一，且多为南方人；而义和团是在义和拳的基础上发展起来的，成分复杂多样，且以北方人为主，有较广泛的民族性。

综上所述，太平天国主要是第一次鸦片战争后国内阶级矛盾尖锐化的结果，是中国传统文化与西方基督教文化初次交融的产物，是以南方农民为主体、以推翻满清政府为首要目标、反封建的农民战争，其组织程度之严密、革命理论之完备，实为历代农民战争之最；而义和团运动则主要是甲午战争后中外民族矛盾激化的产物，是以北方农民为主体、以“反帝仇教”为主要内容完全自发的反帝爱国运动，其成分之复杂多样，抗争行为之暴烈程度以及浓郁的东方神秘主义色彩，在历代农民革命斗争中又是绝无仅有的。二者是各有所长，各有所短，互相映衬，构成了近代中国人民反帝反封建斗争史上极为独到的景观，给世人留下了无尽的思考和经验教训。