如何使用PubMed高级检索精准狙击? |
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可以看到输入同一个概念的不同描述词,检索得到的结果数量不同。展开检索细节查看,也能看到基于ATM的检索机制,在MeSH中匹配转换的主题词虽然相同,但由于描述词不同,拆词组成的检索式不同,导致了检索结果的差异。 得益于ATM检索机制,一般来说使用Basic Search可以保证文献的全面性,但同时也会丧失准确度,即可能出现较多与目标无关的文献。这里如果不想启动ATM,可以使用英文双引号“”括住目标词组,如“Single-Cell Gene Expression Analysis”缩小范围。 2 MeSH Terms 基于上一步中我们遇到的问题【同一概念有不同的描述词】,可以使用MeSH Database帮助确认。MeSH(Medical Subject Headings)即医学主题词,在PubMed中每一个概念都对应一个唯一主题词,同时对应文献的摘要/标题中也进行了主题词标引,使用主题词检索能够获得更精准的检索结果。 MeSH Database。 在MeSH中输入目标关键词进行检索,如输入scRNA-seq,这里单细胞测序对应的主题词为Single-Cell Gene Expression Analysis,我们可以根据自己的需求选择是否勾选Subheadings处的副主题词限缩范围,确认后可以点击右侧Add to search builder添加到PubMed搜索框后,点击Search PubMed进行检索。 Search结果如下,我们可以获得591条MeSH主题词检索结果。 使用【MeSH Terms】进行目标领域主题词检索,能够保证检索结果的准确度,但可能会漏失一些新收录、尚未标引的文献。 3 Advanced Search 如果想要同时保证检索的准确性+全面性,一般更推荐使用高级检索。 首先,除了主题词,在MeSH页面下方的Entry Terms还能够获得对应自由词信息,即主题词的同义词,我们等下会用到。 点击Advanced进入高级检索页面。在高级检索中,我们可以通过与(AND)或(OR)非(NOT)逻辑运算连接词组创建更准确详尽的检索式,同时结合检索历史框实现组配检索,对于较为复杂的检索目标也能得心应手! 在页面下方History and Search Details处,能够看到上一步我们的主题词检索历史记录,点击Add query将检索词条重新添加到Query box,如下: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/advanced/ 由于高级检索不会进行ATM,为了获得更全更准确的检索结果,需要尽可能多的输入同义词查全。这里我们在检索标签中选择Title/Abstract,然后依次输入自由词,点击OR添加到下方Query box中创建PubMed标准检索式。 将自由词添加完毕后,检索式如下图(OR连接主题词和自由词): PS:这里的自由词仅代表MeSH中收录的,并不代表只能或只有这些,更多关键词/自由词可结合自己的研究或背景知识添加。 创建完检索式直接Search,我们可以得到11236篇与单细胞测序相关的文章。 当然,你还可以结合自己的研究领域,如乳腺癌方向,那么如何同时检索到与乳腺癌和单细胞测序有关的文章呢? 先重复上述步骤,在MeSH中确定乳腺癌主题词和自由词: (自由词截图仅显示部分) 重复上述创建检索式步骤,并Add to History: 在历史记录中,我们可以得到基于单细胞测序和乳腺癌两个研究领域的检索结果,单细胞相关11236篇,乳腺癌相关474073篇。 在Query box中用运算符AND(#2 AND #3)连接两个检索式取交集: 最终检索得到339篇与乳腺癌和单细胞测序有关文献。 这里仅介绍了PubMed检索的冰山一角,更详细的使用说明可点击User Guide(用户指南)进行学习。另外检索方式也没有标准答案,可多多尝试,看哪种方式更贴近自己的最终目标。 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/ 好啦,今日分享毕! *未经许可,不得以任何方式复制或抄袭本篇文章之部分或全部内容。版权所有,侵权必究。 基迪奥生物|专业定制测序服务 联系方式:020-39341079;[email protected]返回搜狐,查看更多 |
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