副本（Missions）在任务进行中解锁。在本游戏中，有一些副本有激烈的战斗，还有一些只有跑酷，没有战斗。副本与游戏中的宇宙是分离开来的，玩家可以通过飞船上的SAIL传送到达。 副本具有以下特点：

主要副本指的是在完成主线任务是必须完成的副本。玩家在接受某些任务时，SAIL会收到副本的坐标，玩家可以在SAIL处开始它们。

共有六个不同种族所对应的主要副本和一个最终副本，在每个副本最后总有一个Boss等着玩家。击败Boss，玩家就可以在箱子里得到奖励并完成副本。（击败毁灭后没有箱子，需要在埃丝特处完成任务时获得）每完成一项副本，都会解锁一件针对最终副本的神器，在贸易站的埃丝特身边都会有一位可以加入玩家的特定角色。

另外，每个Boss被击败时，都有一定几率掉落特殊武器（10%）和它们的奖杯（5%）（毁灭除外），所以玩家可以反复挑战这些副本来获得这些少见的战利品。