ImageJ 中文教程(细胞计数) |
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ImageJ 中文教程
下载使用打开软件图形处理灰度变换灰度阈值设定手动去噪自动去噪比例尺设定计数并计算粒径
指令总结
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地址:https://imagej.nih.gov/ij/download.html 输入网址后页面内包括以下下载地址,点击与操作系统对应的版本即可; 单击下载完成的包内如图2.1所示图标 为方便接下来对图中细胞核进行提取并计数,需要对图像进行灰度变换,变换方式为:选择菜单栏中的Image->Type->8-bit,将要处理的图片转换为8位的灰度图像,并输出,输出图片如下: 根据图片的灰度值配置需要提取图中最大最小灰度值的阈值,主要原理是根据细胞内不同部位对染色剂的吸收能力不同,导致染色完成后呈现出来的颜色深浅来对细胞进行提取,其中细胞核对染色剂的吸收能力最强,使得其呈现出来的颜色最深,经过灰度变换后,他的灰度值越高,并且集中在一个稳定的范围,因此可以根据此特性来对细胞核进行提取从而得到细胞的个数; 配置方法是Image->Adjust->Threshold或者快捷键ctrl+shift+T:
可见图形中仍有很多噪点,例如图2.7中红色圆圈内部分为培养皿中的气孔: 此方式需要手动将图片内所有噪点画出并去除,较为繁琐,因此考虑此方法可以用来去除图像大范围内有噪点的部分,之后再用ImageJ提供的去除离群点,以及图像平滑与阈值设定配合等手段去除其他噪点,具体操作如下: 去除离群点:Process->Noise->Despekle; 使用此图作为细胞计数用图片,需首先进行比例尺设定,设定布置如下;选择直线绘图工具,在图上绘制直线,如图2.11红色圆圈内所示:
设置比例尺:Analyze->Set Scale;出现图2.13所示界面: 设定完成比例尺后即可进行细胞计数,选择Analyze->Analyze Particles,出现图2.14所示界面: |
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