目前学校设有南方医院、珠江医院、江都医院、中西医结合医院、华瑞医院（原广州市邮电医院）等5所直属附属医院。另有广州军区广州总医院和武汉总医院、南京军区南京总医院和福州总医院4家非直属临床医学院，广东省人民医院、广东省第二人民医院、广东省口腔医院等15家非直属附属医院。

南方医科大学附属医院（临床医学院）一览表

类别

附属医院名称

医院名称

等级

直属

南方医科大学附属南方医院（第一临床医学院）

南方医院

三级甲等

南方医科大学附属珠江医院（第二临床医学院）

珠江医院

三级甲等

南方医科大学附属江都医院

江都医院

未定

南方医科大学附属中西医结合医院

中西医结合医院

未定

南方医科大学附属华瑞医院

华瑞医院（原广州市邮电医院）

二级甲等

非直属临床医学院

南方医科大学广州临床医学院

广州军区广州总医院

三级甲等

南方医科大学武汉临床医学院

广州军区武汉总医院

三级甲等

南方医科大学南京临床医学院

南京军区南京总医院

三级甲等

南方医科大学福州临床医学院

南京军区福州总医院

三级甲等

非直属

南方医科大学附属华南医院

广东省人民医院

三级甲等

南方医科大学附属口腔医院

广东省口腔医院

三级甲等

南方医科大学附属南华医院

广东省第二人民医院

三级甲等

南方医科大学附属萍乡医院

江西省萍乡市人民医院

三级乙等

南方医科大学附属郴州医院

湖南省郴州市第一人民医院

三级甲等

南方医科大学附属顺德第一人民医院

佛山市顺德区第一人民医院

二级甲等

南方医科大学附属深圳妇幼保健院

深圳市妇幼保健院

三级甲等

南方医科大学附属南海人民医院

佛山市南海区人民医院

三级甲等

南方医科大学附属惠州中医院

惠州市中医院

三级甲等

南方医科大学附属花都医院

广州市花都区人民医院

二级甲等

南方医科大学附属深圳宝安医院

深圳市宝安区人民医院

二级甲等

南方医科大学附属深圳医院

深圳市第二人民医院

三级甲等

南方医科大学附属茂名医院

茂名市人民医院

三级甲等

南方医科大学附属中山市博爱医院

中山市博爱医院

三级甲等

南方医科大学附属一八一医院

解放军桂林一八一中心医院

三级甲等

各附属医院（临床医学院）的情况简介可登陆南方医科大学招生信息网（http://web2.fimmu.com/zs/Index.htm）查询！