中国农业科学院烟草研究所成立于1958年，1987年增名“中国烟草总公司青州烟草研究所”，实行以中国农业科学院为主的领导体制，是我国唯一的国家级烟草农业科研事业单位。2018年，中国农业科学院青岛特种作物研究中心依托烟草所正式组建。

烟草所按照习近平总书记“四个面向”重要指示精神，确定了“一主体两拓展”发展定位，构建起以青岛所部为中心，青州所区、青岛试验基地、西南试验基地、宣城试验基地为支撑的“一所五地”发展布局。研究所设有4个职能部门、8个研究中心和1个支撑服务部门，建有18个国家和省部级科技创新平台及4个国际合作平台。

现有在职职工199人，其中高级职称专家109人，博士学位90人，享受国务院政府特殊津贴12人。建有烟草遗传育种、烟草功能基因组、烟草栽培与调制、烟草质量安全风险评估、烟草功能成分与综合利用、烟草病虫害防控和滩涂生物资源保护利用等7支创新团队。设有4个一级学科博士学位授权点和8个二级学科硕士学位授权点，1个博士后科研工作站。

1978年以来，共获得科技成果奖励185项，其中国家级奖13项，省部级奖114项。先后育成54个国审烟草新品种。制修订国家和行业标准109项，获授权国家发明专利204项。出版科技专著76部，发表学术论文4000余篇。海藻生物有机肥、灵菌红素植物病毒病免疫诱抗剂等一批科技成果实现转化应用。