受限平均生存时间(Restricted mean survival time)简析及R语言实现 |
您所在的位置:网站首页 › 中位生存期是什么意思及计算方法 › 受限平均生存时间(Restricted mean survival time)简析及R语言实现 |
前些天我的学徒写了教程:人人都可以学会生存分析(学徒数据挖掘) 吸引到了读者:武汉大学金文意,他希望可以分享一下生存分析的新玩法: 受限平均生存时间 大家好,我是武汉大学金文意。很荣幸受曾老师邀请,与大家简短地分享一下我对受限平均生存时间的一点薄见。水平有限,有不足之处敬请指正! 背景 在诸如JAMA oncology等顶级期刊中,我们经常会看到如图1所示的Restricted mean survival time(RMS time),即受限平均生存时间1。基于RMS time的组间评价方法既往多见于前瞻性的临床对照实验中,但是近年来,RMS time在预后模型(prognostic signature)领域亦逐渐开始普及。 单从与生物信息学息息相关的prognostic signature领域来说,假如你构建了一个prognostic signature,该signature可将患者分成不同风险组(例如高、中、低风险)。传统的做法是直接绘制K-M生存曲线并log-rank计算组间差异,如果p-value小于0.05即可判断组间的生存率有显著差异。 但是,仅仅这样就足够了吗?log-rank test比较的是存在删失的情况下组间的生存时间分布2。对于更精确的医学研究,我们更想知道的是,截止至某一年的时间点,组间的生存差异。这个时候,就要引出我们的RMS time了。 图1 ![]() 定义 RMS time, 其描述的是纳入研究的患者在随访t时间段内的平均生存时间,可以估计为生存曲线下直至预定时间点的面积,因此可以考虑该时间范围之前的所有生存信息3。这恰恰是其相对于传统生存分析的优势所在。 R语言实现 survRM2 package常用来计算RMS time,方便起见,使用包中的示例数据进行展示。 require(survRM2) data =rmst2.sample.data() #input data 我们看一下数据结构,我们只需要三列数据(生存时间、生存状态、及你的依据处理因素/风险因素的分组arm) 代码语言:javascript复制head(data[,1:3])代码语言:javascript复制## time status arm代码语言:javascript复制## 1 1.095140 1 1代码语言:javascript复制## 2 12.320329 0 1代码语言:javascript复制## 3 2.770705 1 1代码语言:javascript复制## 4 5.270363 1 1代码语言:javascript复制## 5 4.117728 0 0代码语言:javascript复制## 6 6.852841 1 0简单调用函数进行计算,依序输入,其中,tau指的是你所设置的时间点。函数的其他参数的具体说明可自行查看R中该包的说明手册。 代码语言:javascript复制RMS |
今日新闻 |
推荐新闻 |
CopyRight 2018-2019 办公设备维修网 版权所有 豫ICP备15022753号-3 |