日本对个人收入征收所得税，最低5%，最高40%。各个时期的税率不尽相同，曾有过最低从10.5%开始征收，最高征收70%所得税的时候，但自2007年开始实行现在的5-40%的税率。 日本与美国等国家一样，所得税在国税中所占的比例最高。

通过累计征税并在征税过程中扣除各种必要的款项，就能够保证税收上的公平。所得税的征收方式分为两种：一个是个人在税务机关自行纳税申报。

每年的2月16日至3月15日前后，是合乎条件的个人应当到税务机关自行纳税申报的期间。另一个是在领取工资的时候，企业作为扣缴义务人在工资中扣除后，扣缴申报。日本代扣的所得税额比个人在税务机关自行纳税申报的更多。

个人所得税是就所有来源于日本境内的所得基本上都必须缴纳的，这与个人的国籍没有关系。日本法律把个人所得税的缴纳者规定为：在日本居住的人，并非在日本永久居住的人及并非在日本居住的人。

在日本居住的人应当就其从日本境内、境外取得的全部所得缴纳个人所得税。被视为非在日本永久居住的人应当就来源于日本境内所得以及来源于日本境外所得之中，在日本支付的、从国外汇款的所得缴纳个人所得税。非在日本居住的人基本上应当就其来源于日本境内所得缴纳个人所得税。来源于日本境内所得，包括所有劳务报酬，也包括退休金及从租赁、转让房地产取得的收入。

居民指在日本国内拥有住所，或在日本拥有居所且常住 1 年以上的人。 居民根据其有无长期居住的意愿及居住时间长短，又分为普通居民和非永久居民。普通居民指有在日本长期居住愿望，在日本国内连续居住一年以上且拥有住所的个人，其来自国内和国外的全部所得均属于征税所得，日本称这种人为无限制纳税人。

居民中没有日本国籍，且于过去 10 年内少于 5 年时间在日本国内拥有住所或居所者为非永久居民。非永久居民的课税范 围与居民的课税范围相同，然而对于其源于国外的收入，只要不是在日本 国内支付，或不是汇款至日本的部分，就不必在日本征税。

但若国外支付 的工资是基于日本国内的工作，该工资也属于源自国内的所得，也要与日 本支付的工资合并后计算缴纳个人所得税。

日本个人所得税制度中，对于综合征税所得还要进行两个处理:其一是某些所得项目出现亏损时的处理;其二是针对低收入者等的所得扣除。

亏损抵扣是针对租金所得、营业所得、山林所得、转让所得等可能出 现的负所得，即亏损的处理。原则上可以按一定程序从其他所得中扣除，称作亏损抵扣。具体做法是，将综合征税所得分为经常性所得类(包括利息所得、红利所得、租金所得、营业所得、工资薪金所得和杂项所得)和 非经常性所得类(包括转让所得和一次性所得)，以便从经常性所得类中 抵扣租金所得和营业所得的亏损，从非经常性所得类中抵扣转让所得的亏损。

在各类所得内部还不能全部抵扣的亏损，可跨类别抵扣，仍抵扣不完时，可从山林所得和退职所得中抵扣。经过亏损抵扣仍不能抵扣完的亏损额，称为纯亏损，纯亏损按一定程序可转到以后三个年度里抵扣。