1.企业为员工代扣代缴个人所得税的手续费返还比例是多少？

　　答：根据《中华人民共和国个人所得税法》第十七条规定，对扣缴义务人按照所扣缴的税款，付给百分之二的手续费。

　　根据《国家税务总局关于发布《个人所得税扣缴申报管理办法（试行）》的公告》（国家税务总局公告2018年第61号）第十七条规定，对扣缴义务人按照规定扣缴的税款，按年付给百分之二的手续费。不包括税务机关、司法机关等查补或者责令补扣的税款。

　　2.企业申请扣缴手续费返还有时间限制吗？

　　答：根据《财政部 税务总局 人民银行关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》（财行〔2019〕11号）规定，“三代”税款手续费按年据实清算。代扣、代收扣缴义务人和代征人应于每年3月30日前，向税务机关提交上一年度“三代”税款手续费申请相关资料，因“三代”单位或个人自身原因，未及时提交申请的，视为自动放弃上一年度“三代”税款手续费。

　　代扣、代收扣缴义务人和代征人在年度内扣缴义务终止或代征关系终止的，应在终止后3个月内向税务机关提交手续费申请资料，由税务机关办理手续费清算。

　　3.纳税人如何在自然人电子税务局扣缴端申请个人所得税扣缴手续费退付?

　　答：纳税人登录自然人电子税务局扣缴端，在【退付手续费核对】模块，获取结报单和核对清册完毕后提交退付手续费申请。